Buscador de guias CRISPR
Como buscar guias CRISPR
- Cole o DNA que você quer cortar, como texto simples ou em FASTA.
- Escolha a nuclease e o PAM dela, ou escreva o seu, e defina o comprimento do guia.
- Defina a faixa de GC e se quer descartar os guias com um trecho TTTT.
- Cada guia aparece com a posição, a fita, a sequência, o PAM e o conteúdo de GC. Copiar resultado ou Baixar salva o resultado.
Perguntas frequentes
O que é um PAM?
Um motivo curto sobre o qual a nuclease precisa se apoiar ao lado do alvo. A SpCas9 precisa de NGG logo depois dos 20 nt do guia; a Cas12a precisa de TTTV logo antes de um guia mais longo. Sem PAM não há corte.
Qual conteúdo de GC procurar?
Entre 35 % e 75 % serve para a maioria dos guias, e de 40 % a 60 % é o intervalo usual. GC muito baixo liga fraco e GC muito alto aumenta os cortes fora do alvo.
Por que descartar guias com TTTT?
Um trecho de quatro ou mais T pode funcionar como sinal de terminação para o promotor U6 usado para expressar o guia, então o sgRNA sai truncado.
O que significa a coluna da semente?
Em quantos outros pontos da sequência que você colou aparecem as mesmas 12 bases ao lado do PAM. Qualquer valor acima de zero significa que o guia não é único nem dentro desta sequência, então confira contra o genoma inteiro antes de encomendar.
Ele procura alvos fora do alvo no genoma?
Não. Ele só procura na sequência que você cola, porque uma busca em todo o genoma precisa do genoma. Use para fazer uma pré-seleção e depois pontue essa lista curta no seu organismo.
Minha sequência é enviada?
Não. Tudo roda no seu navegador, então suas sequências nunca saem do seu dispositivo.