CRISPR-Guide-Finder
So findest du CRISPR-Guides
- Füge die DNA ein, die du schneiden willst, als Text oder als FASTA.
- Wähle die Nuklease und ihr PAM, oder gib ein eigenes ein, und setze die Guide-Länge.
- Setze den GC-Bereich und ob Guides mit einer TTTT-Folge wegfallen.
- Jeder Guide erscheint mit Position, Strang, Sequenz, PAM und GC-Anteil. Mit Ergebnis kopieren oder Herunterladen sicherst du das Ergebnis.
Häufige Fragen
Was ist ein PAM?
Ein kurzes Motiv, auf dem die Nuklease neben ihrem Ziel sitzen muss. SpCas9 braucht NGG direkt hinter den 20 nt des Guides, Cas12a braucht TTTV direkt vor einem längeren Guide. Ohne PAM kein Schnitt.
Welchen GC-Anteil sollte ein Guide haben?
Zwischen 35 % und 75 % passt für die meisten Guides, 40 % bis 60 % ist der übliche Bereich. Sehr niedriger GC-Anteil bindet schwach, sehr hoher erhöht das Schneiden abseits des Ziels.
Warum Guides mit TTTT verwerfen?
Vier oder mehr T hintereinander können für den U6-Promotor, mit dem der Guide exprimiert wird, als Terminationssignal wirken, sodass die sgRNA verkürzt entsteht.
Was bedeutet die Seed-Spalte?
An wie vielen anderen Stellen der eingefügten Sequenz dieselben 12 Basen neben dem PAM vorkommen. Alles über null heißt, dass der Guide schon in dieser Sequenz nicht eindeutig ist, also prüfe ihn vor der Bestellung gegen das ganze Genom.
Sucht das Werkzeug Off-Targets im Genom?
Nein. Es sucht nur in der eingefügten Sequenz, denn eine genomweite Suche braucht das Genom. Nutze es für eine Vorauswahl und bewerte diese kurze Liste anschließend für deinen Organismus.
Wird meine Sequenz hochgeladen?
Nein. Alles läuft in deinem Browser, deine Sequenzen verlassen dein Gerät also nicht.