Codon-Optimierung

Die Codons eines Gens optimieren

1. Füge eine Proteinsequenz ein, oder eine codierende DNA-Sequenz, deren Länge durch drei teilbar ist.
2. Wähle den Wirt. Die Sequenz wird mit dessen Codon-Nutzung umgeschrieben.
3. Ergänze die Schnittstellen, die draußen bleiben müssen, und kopiere oder lade die FASTA herunter.

Häufige Fragen

Was macht Codon-Optimierung wirklich?

Sie tauscht jedes Codon gegen ein anderes, das dieselbe Aminosäure codiert, aber vom Wirt häufiger benutzt wird. Das Protein bleibt gleich; anders wird, wie leicht die Ribosomen und der tRNA-Vorrat des Wirts die Nachricht übersetzen.

Welche Codonwahl soll ich nehmen?

"Das häufigste Codon" ergibt den höchsten Adaptationsindex und ist das, was bei Gensynthese meist bestellt wird. "Im Verhältnis zur Nutzung" trifft die natürliche Mischung des Wirts und vermeidet die langen Strecken gleicher Codons, die einen tRNA-Vorrat leeren können. "Das häufigste, aber Wiederholungen aufbrechen" ist der Mittelweg und bricht nur Folgen auf.

Was ist der Codon-Adaptationsindex?

Das geometrische Mittel davon, wie häufig jedes Codon des Gens genutzt wird, bezogen auf das beste Codon dieser Aminosäure. 1,0 heißt, jedes Codon ist das Lieblingscodon des Wirts. Natürliche, stark exprimierte Gene liegen bei 0,7 bis 0,9.

Woher kommen die Nutzungstabellen?

Es ist die relative Codon-Nutzung jedes Organismus aus den veröffentlichten Tabellen, mit einem Anteil pro Codon. Du kannst stattdessen deine eigene Tabelle einfügen und "Die Tabelle unten" wählen, was sich lohnt, wenn dein Labor Werte für einen bestimmten Stamm oder nur für stark exprimierte Gene hat.

Verbessert Optimierung die Expression sicher?

Nein. Sie hilft meist, wenn ein Gen aus einem Organismus in einem anderen exprimiert wird, aber die Expression hängt auch von der mRNA-Faltung am Anfang, vom Promotor und der Ribosomenbindestelle, vom GC-Gehalt und von Giftigkeit und Löslichkeit des Proteins ab. Seltene Codons sind nur eine der Dinge, die schiefliegen können.

Warum Folgen derselben Base vermeiden?

Lange Folgen einer Base machen eine Sequenz schwerer und teurer herzustellen und können bei PCR und Sequenzierung zu Verrutschen führen. Sechs oder mehr derselben Base ist die übliche Grenze.

Hält es meine Schnittstellen draußen?

Es versucht es. Jedes Codon, das eine der genannten Stellen erzeugen würde, wird gegen das nächstbeste Codon dieser Aminosäure getauscht. Manche Stellen lassen sich nicht vermeiden, ohne das Protein zu ändern, und die werden in der Statuszeile genannt.

Wird meine Sequenz hochgeladen?

Nein. Alles läuft in deinem Browser, deine Sequenzen verlassen dein Gerät also nicht.