कोडॉन अनुकूलन
जीन के कोडॉन कैसे अनुकूलित करें
- प्रोटीन अनुक्रम चिपकाएँ, या ऐसा कोडिंग DNA जिसकी लंबाई तीन का गुणज हो।
- होस्ट चुनें। अनुक्रम उसी जीव के कोडॉन इस्तेमाल से फिर कोड होता है।
- जिन रिस्ट्रिक्शन साइटों से बचना है वे जोड़ें, फिर FASTA कॉपी या डाउनलोड करें।
अक्सर पूछे जाने वाले सवाल
कोडॉन अनुकूलन असल में क्या करता है?
यह हर कोडॉन को उसी अमीनो अम्ल वाले दूसरे कोडॉन से बदल देता है, जिसे होस्ट ज़्यादा इस्तेमाल करता है। प्रोटीन नहीं बदलता; बदलता यह है कि होस्ट के राइबोसोम और tRNA भंडार संदेश को कितनी आसानी से अनुवाद करते हैं।
कोडॉन का कौन सा चुनाव लूँ?
"सबसे ज़्यादा इस्तेमाल होने वाला कोडॉन" सबसे ऊँचा अनुकूलन सूचकांक देता है और जीन संश्लेषण के ज़्यादातर ऑर्डर यही माँगते हैं। "इस्तेमाल के अनुपात में" होस्ट के स्वाभाविक मिश्रण जैसा रहता है और एक जैसे कोडॉन की लंबी लड़ियों से बचाता है, जो किसी tRNA भंडार को ख़ाली कर सकती हैं। "सबसे ज़्यादा इस्तेमाल वाला, पर दोहराव बदलते हुए" बीच का रास्ता है जो सिर्फ़ लड़ियाँ तोड़ता है।
कोडॉन अनुकूलन सूचकांक क्या है?
जीन के हर कोडॉन के इस्तेमाल का गुणोत्तर माध्य, उस अमीनो अम्ल के सबसे अच्छे कोडॉन के मुक़ाबले। 1.0 का मतलब है हर कोडॉन होस्ट का पसंदीदा है। प्राकृतिक रूप से ख़ूब अभिव्यक्त होने वाले जीन 0.7 से 0.9 के बीच रहते हैं।
इस्तेमाल की तालिकाएँ कहाँ से आती हैं?
ये प्रकाशित तालिकाओं के मुताबिक हर जीव का सापेक्ष कोडॉन इस्तेमाल हैं, हर कोडॉन के लिए एक अंश। आप अपनी तालिका भी चिपकाकर "नीचे की तालिका" चुन सकते हैं, जो तब काम का है जब आपकी लैब के पास किसी ख़ास स्ट्रेन या सिर्फ़ ख़ूब अभिव्यक्त जीनों के आँकड़े हों।
क्या अनुकूलन से अभिव्यक्ति पक्का बेहतर होती है?
नहीं। जब एक जीव का जीन दूसरे में अभिव्यक्त किया जाता है तब यह आम तौर पर मदद करता है, पर अभिव्यक्ति शुरुआत में mRNA की तहों, प्रोमोटर और राइबोसोम बंधन स्थल, GC मात्रा, और प्रोटीन की विषाक्तता तथा घुलनशीलता पर भी टिकी है। दुर्लभ कोडॉन उन कई बातों में से एक हैं जो ग़लत हो सकती हैं।
एक ही बेस की लड़ी से क्यों बचें?
एक ही बेस की लंबी लड़ी अनुक्रम को संश्लेषित करना कठिन और महँगा बनाती है, और PCR तथा सीक्वेंसिंग में फिसलन पैदा कर सकती है। एक बेस के छह या ज़्यादा होना आम सीमा है।
क्या यह मेरी रिस्ट्रिक्शन साइटें बाहर रखता है?
कोशिश करता है। जो कोडॉन दी गई साइटों में से कोई बना देता, उसे उस अमीनो अम्ल के अगले सबसे अच्छे कोडॉन से बदल दिया जाता है। कुछ साइटें प्रोटीन बदले बिना टाली नहीं जा सकतीं, और उनके नाम स्थिति पंक्ति में आ जाते हैं।
क्या मेरा अनुक्रम अपलोड होता है?
नहीं। सब कुछ आपके ब्राउज़र में चलता है, इसलिए आपके अनुक्रम कभी आपके डिवाइस से बाहर नहीं जाते।