Optimasi Kodon
Cara mengoptimasi kodon sebuah gen
- Tempel sekuens protein, atau DNA penyandi yang panjangnya kelipatan tiga.
- Pilih inangnya. Sekuensnya disandikan ulang dengan pemakaian kodon organisme itu.
- Tambahkan situs restriksi yang perlu dihindari, lalu salin atau unduh FASTA-nya.
Pertanyaan umum
Sebenarnya apa yang dilakukan optimasi kodon?
Ia menukar setiap kodon dengan kodon lain yang menyandikan asam amino sama tetapi lebih sering dipakai inangnya. Proteinnya tidak berubah; yang berubah adalah seberapa lancar ribosom dan kumpulan tRNA inang menerjemahkan pesannya.
Pilihan kodon mana yang sebaiknya dipakai?
"Kodon yang paling banyak dipakai" memberi indeks penyesuaian tertinggi dan itulah yang dipakai hampir semua pesanan sintesis gen. "Sebanding dengan pemakaiannya" meniru campuran alami inangnya dan menghindari deretan panjang kodon yang sama, yang bisa menguras satu kumpulan tRNA. "Yang paling banyak dipakai, tetapi ulangannya divariasikan" adalah jalan tengah yang hanya memecah deretan.
Apa itu indeks penyesuaian kodon?
Rata-rata geometrik dari seberapa sering setiap kodon di gen itu dipakai, dibandingkan kodon terbaik untuk asam amino tersebut. 1,0 berarti setiap kodonnya adalah favorit inangnya. Gen alami yang terekspresi tinggi berada sekitar 0,7 sampai 0,9.
Dari mana tabel pemakaiannya?
Itu adalah pemakaian kodon relatif tiap organisme menurut tabel yang sudah diterbitkan, dengan satu pecahan per kodon. Anda juga bisa menempel tabel sendiri lalu memilih "Tabel di bawah", yang layak dilakukan kalau lab Anda punya angka untuk galur tertentu atau untuk gen yang terekspresi tinggi saja.
Apakah optimasi pasti memperbaiki ekspresi?
Tidak. Biasanya ia membantu kalau gen dari satu organisme diekspresikan di organisme lain, tetapi ekspresi juga tergantung pelipatan mRNA di bagian awal, promotor dan situs pengikatan ribosom, kandungan GC, serta keracunan dan kelarutan proteinnya. Kodon jarang hanyalah salah satu hal yang bisa salah.
Mengapa menghindari rentetan basa yang sama?
Rentetan panjang satu basa membuat sekuensnya lebih sulit dan lebih mahal disintesis, serta bisa menyebabkan pergeseran saat PCR dan pengurutan. Enam atau lebih basa sama adalah batas yang biasa dipakai.
Apakah situs restriksi saya benar-benar dihindari?
Ia berusaha. Setiap kodon yang akan membentuk salah satu situs yang Anda daftarkan ditukar dengan kodon terbaik berikutnya untuk asam amino itu. Sebagian situs tidak bisa dihindari tanpa mengubah proteinnya, dan situs itu disebutkan di baris status.
Apakah sekuens saya diunggah?
Tidak. Semuanya berjalan di browser Anda, jadi sekuens Anda tidak pernah meninggalkan perangkat.