Optimisation des codons
Comment optimiser les codons d’un gène
- Collez une séquence protéique, ou un ADN codant dont la longueur est un multiple de trois.
- Choisissez l’hôte. La séquence est réécrite avec l’usage des codons de cet organisme.
- Ajoutez les sites de restriction à éviter, puis copiez ou téléchargez le FASTA.
Questions fréquentes
Que fait réellement l’optimisation des codons ?
Elle remplace chaque codon par un autre qui code le même acide aminé mais que l’hôte utilise plus souvent. La protéine ne change pas ; ce qui change, c’est la facilité avec laquelle les ribosomes et le stock d’ARNt de l’hôte traduisent le message.
Quel choix de codons utiliser ?
« Le codon le plus utilisé » donne l’indice d’adaptation le plus élevé et c’est ce que demandent la plupart des commandes de synthèse. « Au prorata de l’usage » reproduit le mélange naturel de l’hôte et évite les longues suites de codons identiques, qui peuvent épuiser un ARNt. « Le plus utilisé, en variant les répétitions » est un compromis qui ne casse que les suites.
Qu’est-ce que l’indice d’adaptation des codons ?
La moyenne géométrique de la fréquence d’usage de chaque codon du gène, rapportée au meilleur codon de cet acide aminé. 1,0 signifie que chaque codon est le préféré de l’hôte. Les gènes naturels fortement exprimés se situent entre 0,7 et 0,9.
D’où viennent les tableaux d’usage ?
Ce sont les usages relatifs des codons de chaque organisme d’après les tableaux publiés, avec une fraction par codon. Vous pouvez aussi coller votre propre tableau et choisir « Le tableau ci-dessous », ce qui vaut le coup si votre laboratoire dispose de valeurs pour une souche précise ou pour les seuls gènes fortement exprimés.
L’optimisation améliore-t-elle à coup sûr l’expression ?
Non. Elle aide souvent quand un gène d’un organisme est exprimé dans un autre, mais l’expression dépend aussi du repliement de l’ARNm au début, du promoteur et du site de fixation du ribosome, du taux de GC, de la toxicité et de la solubilité de la protéine. Les codons rares ne sont qu’une cause possible parmi d’autres.
Pourquoi éviter les suites de la même base ?
Les longues suites d’une seule base rendent la synthèse plus difficile et plus chère, et peuvent provoquer des glissements en PCR et au séquençage. Six bases identiques ou plus est la limite habituelle.
Est-ce qu’il écarte vraiment mes sites de restriction ?
Il essaie. Chaque codon qui créerait un des sites indiqués est remplacé par le codon suivant le meilleur pour cet acide aminé. Certains sites sont impossibles à éviter sans changer la protéine, et ceux-là sont nommés dans la ligne d’état.
Ma séquence est-elle envoyée ?
Non. Tout fonctionne dans votre navigateur : vos séquences ne quittent jamais votre appareil.