Optimización de codones
Cómo optimizar los codones de un gen
- Pega una secuencia de proteína, o una de ADN codificante cuya longitud sea múltiplo de tres.
- Elige el huésped. La secuencia se recodifica con el uso de codones de ese organismo.
- Añade los sitios de restricción que quieras evitar y copia o descarga el FASTA.
Preguntas frecuentes
¿Qué hace realmente la optimización de codones?
Cambia cada codón por otro que codifica el mismo aminoácido pero que el huésped usa más. La proteína no cambia; lo que cambia es con qué facilidad los ribosomas y el conjunto de ARNt del huésped traducen el mensaje.
¿Qué elección de codones debo usar?
"El codón más usado" da el índice de adaptación más alto y es lo que se pide en casi toda síntesis de genes. "En proporción a su uso" imita la mezcla natural del huésped y evita los tramos largos de codones idénticos, que pueden agotar un ARNt. "El más usado, variando las repeticiones" es un término medio que solo rompe las series.
¿Qué es el índice de adaptación de codones?
La media geométrica de cuánto se usa cada codón del gen, en relación con el mejor codón para ese aminoácido. 1,0 significa que todos los codones son el favorito del huésped. Los genes naturales muy expresados se mueven entre 0,7 y 0,9.
¿De dónde salen las tablas de uso?
Son el uso relativo de codones de cada organismo según las tablas publicadas, con una fracción por codón. También puedes pegar tu propia tabla y elegir "La tabla de abajo", que merece la pena si tu laboratorio tiene datos de una cepa concreta o solo de genes muy expresados.
¿La optimización mejora la expresión con seguridad?
No. Suele ayudar cuando un gen de un organismo se expresa en otro, pero la expresión también depende del plegamiento del ARNm al principio, del promotor y del sitio de unión al ribosoma, del contenido en GC y de la toxicidad y la solubilidad de la proteína. Los codones raros son solo una de las cosas que pueden ir mal.
¿Por qué evitar series de la misma base?
Las series largas de una sola base hacen la secuencia más difícil y más cara de sintetizar, y pueden provocar deslizamientos en la PCR y en la secuenciación. Seis o más de una base es el límite habitual.
¿Mantiene fuera mis sitios de restricción?
Lo intenta. Cada codón que crearía uno de los sitios indicados se cambia por el siguiente mejor codón de ese aminoácido. Algunos sitios no se pueden evitar sin cambiar la proteína, y esos se nombran en la línea de estado.
¿Se sube mi secuencia?
No. Todo funciona en tu navegador, así que tus secuencias nunca salen de tu dispositivo.