Análisis de cebadores PCR
Cómo revisar cebadores de PCR
- Pega los cebadores uno por línea, con un nombre opcional delante de cada secuencia, o en FASTA.
- Indica las concentraciones de cebador y de sodio para la temperatura de fusión por vecino más próximo.
- Cada cebador aparece con su longitud, contenido en GC, tres temperaturas de fusión, peso molecular y los avisos que haya.
Preguntas frecuentes
¿Qué temperatura de fusión uso?
La de vecino más próximo es la más precisa. La fórmula básica suma 2 °C por cada A o T y 4 °C por cada G o C en cebadores cortos, con una fórmula de GC para los largos; la ajustada por sal la corrige según el sodio.
¿Qué revisan los avisos?
Longitud fuera de 18-30 bases, contenido en GC fuera del 40-60 %, sin G ni C en el extremo 3', más de 3 G o C en las últimas 5 bases, rachas de 5 o más bases iguales y tramos autocomplementarios que pueden formar horquillas o dímeros de cebador.
¿Se sube mi secuencia?
No. Todo funciona en tu navegador, así que tus secuencias nunca salen de tu dispositivo.
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