PCR-Primer-Analyse

So prüfst du PCR-Primer

1. Füge die Primer ein, einen pro Zeile mit optionalem Namen vor der Sequenz, oder als FASTA.
2. Lege Primer- und Natriumkonzentration für die Nearest-Neighbor-Schmelztemperatur fest.
3. Jeder Primer erscheint mit Länge, GC-Gehalt, drei Schmelztemperaturen, Molekulargewicht und eventuellen Warnungen.

Häufige Fragen

Welche Schmelztemperatur soll ich nehmen?

Der Nearest-Neighbor-Wert ist am genauesten. Die einfache Formel rechnet bei kurzen Primern 2 °C pro A oder T und 4 °C pro G oder C, bei längeren mit einer GC-Formel; der salzkorrigierte Wert berücksichtigt das Natrium.

Was prüfen die Warnungen?

Länge außerhalb von 18-30 Basen, GC-Gehalt außerhalb von 40-60 %, kein G oder C am 3'-Ende, mehr als 3 G oder C in den letzten 5 Basen, 5 oder mehr gleiche Basen in Folge und selbstkomplementäre Abschnitte, die Haarnadeln oder Primerdimere bilden könnten.

Wird meine Sequenz hochgeladen?

Nein. Alles läuft in deinem Browser, deine Sequenzen verlassen dein Gerät also nicht.