코돈 최적화

유전자의 코돈을 최적화하는 방법

1. 단백질 서열, 또는 길이가 3의 배수인 코딩 DNA 서열을 붙여 넣습니다.
2. 숙주를 고릅니다. 그 숙주의 코돈 사용으로 서열이 고쳐 쓰입니다.
3. 피해야 할 제한효소 자리를 넣고, FASTA를 복사하거나 내려받습니다.

자주 묻는 질문

코돈 최적화는 실제로 무엇을 합니까?

같은 아미노산을 가리키되 숙주가 더 자주 쓰는 코돈으로 바꿉니다. 단백질은 그대로이고, 달라지는 것은 숙주의 리보솜과 tRNA 풀이 그 서열을 얼마나 쉽게 번역하는가입니다.

어떤 코돈 선택을 써야 합니까?

"가장 많이 쓰이는 코돈"은 적응 지수가 가장 높고 유전자 합성 주문에서 대부분 쓰는 방식입니다. "쓰임새 비율대로"는 숙주의 자연스러운 배합에 가까워, 같은 코돈이 길게 이어져 tRNA가 바닥나는 일을 피합니다. "가장 많이 쓰되 반복은 섞기"는 그 중간으로, 이어지는 부분만 끊습니다.

코돈 적응 지수가 무엇입니까?

유전자의 코돈마다 그 아미노산의 최적 코돈에 견준 사용 빈도의 기하평균입니다. 1.0이면 모든 코돈이 숙주가 가장 즐겨 쓰는 코돈이라는 뜻입니다. 자연에서 많이 발현되는 유전자는 0.7~0.9쯤입니다.

사용 표는 어디서 왔습니까?

출판된 코돈 사용 표에 따른 생물별 상대 사용 빈도이며 코돈마다 비율 하나입니다. 자기 표를 붙여 넣고 "아래 표"를 골라도 되고, 특정 균주나 많이 발현되는 유전자만의 수치가 있다면 그렇게 하는 편이 낫습니다.

최적화하면 발현이 반드시 좋아집니까?

아닙니다. 한 생물의 유전자를 다른 생물에서 발현할 때는 대개 도움이 되지만, 발현은 시작 부분의 mRNA 접힘, 프로모터와 리보솜 결합 자리, GC 함량, 단백질의 독성과 용해도에도 달려 있습니다. 드문 코돈은 잘못될 수 있는 여러 가지 가운데 하나일 뿐입니다.

같은 염기의 연속을 왜 피합니까?

한 염기가 길게 이어지면 합성이 더 어렵고 비싸지며, PCR과 서열 분석에서 미끄러짐을 일으킬 수 있습니다. 같은 염기 6개 이상이 보통의 한계입니다.

제한효소 자리를 정말 피해 줍니까?

피하려고 합니다. 적어 둔 자리를 만들게 되는 코돈은 그 아미노산의 다음으로 좋은 코돈으로 바꿉니다. 단백질을 바꾸지 않고는 피할 수 없는 자리도 있고, 그런 자리는 상태 줄에 이름이 나옵니다.

서열이 업로드되나요?

아니요. 모든 작업이 브라우저 안에서 이루어지므로 서열이 기기 밖으로 나가지 않습니다.