CRISPR 가이드 찾기

CRISPR 가이드를 찾는 방법

1. 자르려는 DNA를 붙여 넣으세요. 일반 텍스트나 FASTA 모두 됩니다.
2. 뉴클레아제와 그 PAM을 고르거나 직접 PAM을 입력하고, 가이드 길이를 정하세요.
3. GC 범위와, TTTT가 이어지는 가이드를 제외할지 정하세요.
4. 모든 가이드가 위치, 가닥, 서열, PAM, GC 함량과 함께 나열됩니다. "결과 복사"나 "다운로드"로 결과를 저장할 수 있습니다.

자주 묻는 질문

PAM이 무엇인가요?

뉴클레아제가 표적 옆에서 올라앉아야 하는 짧은 모티프입니다. SpCas9은 20 nt 가이드 바로 뒤에 NGG가 필요하고, Cas12a는 더 긴 가이드 바로 앞에 TTTV가 필요합니다. PAM이 없으면 자르지 못합니다.

GC 함량은 어느 정도가 좋나요?

대부분의 가이드는 35 %에서 75 % 사이면 작동하고, 보통 40 %에서 60 %가 가장 무난합니다. GC가 너무 낮으면 결합이 약하고, 너무 높으면 표적 밖 절단이 늘어납니다.

TTTT가 들어간 가이드를 왜 제외하나요?

T가 네 개 이상 이어지면 가이드를 발현시키는 U6 프로모터에 종결 신호처럼 작용할 수 있어서, sgRNA가 잘린 채로 만들어집니다.

시드 열은 무엇을 뜻하나요?

붙여 넣은 서열에서 PAM 옆에 같은 12개 염기가 나타나는 다른 자리가 몇 군데인지입니다. 0보다 크면 이 서열 안에서조차 그 가이드가 유일하지 않다는 뜻이므로, 주문하기 전에 전체 유전체와 대조해 보세요.

유전체 전체의 표적 밖 부위도 확인하나요?

아니요. 붙여 넣은 서열 안에서만 찾습니다. 유전체 전체 검색에는 유전체 자체가 필요합니다. 이 도구로 후보를 좁히고, 그 짧은 목록을 대상 생물에 맞춰 평가하세요.

서열이 업로드되나요?

아니요. 모든 작업이 브라우저 안에서 이루어지므로 서열이 기기 밖으로 나가지 않습니다.