CRISPRガイド検索

CRISPRガイドの探し方

1. 切りたいDNAを貼り付けます。プレーンテキストでもFASTAでもかまいません。
2. ヌクレアーゼとそのPAMを選ぶか、自分でPAMを入力し、ガイドの長さを決めます。
3. GCの範囲と、TTTTが続くガイドを除くかどうかを決めます。
4. 各ガイドが位置、鎖、配列、PAM、GC含量とともに一覧になります。「結果をコピー」または「ダウンロード」で結果を保存できます。

よくある質問

PAMとは何ですか

ヌクレアーゼが標的の隣で結合しなければならない短いモチーフです。SpCas9は20 ntのガイドの直後にNGGを必要とし、Cas12aはより長いガイドの直前にTTTVを必要とします。PAMがなければ切れません。

GC含量はどのくらいを狙いますか

ほとんどのガイドは35 %から75 %で機能し、ふつうは40 %から60 %がもっとも扱いやすい範囲です。GCが低すぎると結合が弱く、高すぎるとオフターゲットの切断が増えます。

TTTTを含むガイドを除くのはなぜですか

Tが4つ以上続くと、ガイドを発現させるU6プロモーターに対して終結シグナルとして働くことがあり、sgRNAが途中で切れて作られます。

シードの列は何を表しますか

貼り付けた配列の中で、PAMの隣に同じ12塩基が現れる場所が他にいくつあるかです。0より大きければ、この配列の中ですでに一意でないということなので、発注前にゲノム全体に対して確認してください。

ゲノム全体のオフターゲットも調べますか

いいえ。貼り付けた配列の中だけを探します。ゲノム全体の検索にはゲノムそのものが必要です。ここで候補を絞り、その短い一覧を対象生物に対して評価してください。

配列はアップロードされますか？

いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。