GenBank フィーチャー抽出
GenBank ファイルからフィーチャーを取り出す方法
- FEATURES 表と配列を含む GenBank レコードを1件以上貼り付けます。
- 取り出すフィーチャー型を CDS gene rRNA のように入力するか、すべてのフィーチャー型にチェックを入れます。
- 各フィーチャーは、型、名前、位置をタイトルにした FASTA レコードになります。
よくある質問
join や complement は扱えますか？
はい。join() の各部分は順番につながれ、complement() のフィーチャーは逆相補鎖になるため、CDS は開始コドンから 5' → 3' の向きで出力されます。
CDS の翻訳も取り出せますか？
GenBank 翻訳抽出を使うと、各 CDS に保存されたタンパク質翻訳を取り出せます。
配列はアップロードされますか？
いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。
その他のDNA・タンパク質配列ツール
逆相補鎖DNA → RNA 変換FASTA 配列の結合FASTA 配列の分割GenBank → FASTA 変換EMBL → FASTA 変換EMBL フィーチャー抽出GenBank 翻訳抽出EMBL 翻訳抽出コドンに分割DNA 範囲の抽出タンパク質範囲の抽出DNA ウィンドウ抽出タンパク質ウィンドウ抽出DNA のクリーンアップタンパク質のクリーンアップDNA のグループ表示タンパク質のグループ表示アミノ酸 1文字 → 3文字アミノ酸 3文字 → 1文字DNA 統計タンパク質統計コドン使用頻度CpG アイランド検索DNA の分子量タンパク質の分子量タンパク質の等電点タンパク質の GRAVYDNA パターン検索タンパク質パターン検索DNA のあいまい検索タンパク質のあいまい検索同一性と類似性ORF 検索DNA をタンパク質に翻訳逆翻訳タンパク質アラインメントの逆翻訳PCR プライマー解析PCR 産物制限酵素サマリー制限部位を作る変異2本の DNA をアライン2本のタンパク質をアラインコドン単位のアラインメント制限酵素地図翻訳マッププライマーマップ保存度でアラインメントを色分け性質でアラインメントを色分けコドンプロットランダム DNA 配列ランダムタンパク質配列ランダムなコード DNADNA 領域のランダム化タンパク質領域のランダム化DNA のサンプリングタンパク質のサンプリングDNA のシャッフルタンパク質のシャッフルDNA に変異を入れるタンパク質に変異を入れる遺伝暗号表IUPAC コード