GenBank özellik çıkarıcı
Bir GenBank dosyasından özellikler nasıl çıkarılır
- Bir ya da daha fazla GenBank kaydını FEATURES tablosu ve dizisiyle birlikte yapıştır.
- Çıkarılacak özellik türlerini CDS gene rRNA gibi yaz ya da «Tüm özellik türleri»ni işaretle.
- Her özellik, türü, adı ve konumuyla başlıklandırılmış bir FASTA kaydına dönüşür.
Sık sorulan sorular
join ve complement işleniyor mu?
Evet. join() parçaları sırayla birleştirilir ve complement() özelliklerinin ters tamamlayıcısı alınır; böylece bir CDS başlangıç kodonundan itibaren 5'ten 3'e okunarak çıkar.
CDS’yi proteine de çevirebilir mi?
Her CDS ile saklanan protein translasyonunu almak için GenBank translasyon çıkarıcıyı kullan.
Dizilerim yükleniyor mu?
Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.
Diğer DNA ve protein dizisi araçları
Ters tamamlayıcıDNA’dan RNA’yaFASTA dizilerini birleştirFASTA dizisini bölGenBank’ten FASTA’yaEMBL’den FASTA’yaEMBL özellik çıkarıcıGenBank translasyon çıkarıcıEMBL translasyon çıkarıcıKodonlara bölDNA aralık çıkarıcıProtein aralık çıkarıcıDNA pencere çıkarıcıProtein pencere çıkarıcıDNA filtreleProtein filtreleDNA gruplaProtein gruplaTek harften üç harfli amino asit kodlarınaÜç harften tek harfli amino asit kodlarınaDNA istatistikleriProtein istatistikleriKodon kullanımıCpG adası bulucuDNA molekül ağırlığıProtein molekül ağırlığıProtein izoelektrik noktasıProtein GRAVYDNA desen bulmaProtein desen bulmaDNA bulanık aramaProtein bulanık aramaÖzdeşlik ve benzerlikORF bulucuDNA’yı proteine çevirTers translasyonProtein hizalamasının ters translasyonuPCR primer istatistikleriPCR ürünleriKesim özetiKesim için mutasyonDNA ikili hizalamaProtein ikili hizalamaKodon ikili hizalamaKodon optimizasyonuCRISPR kılavuz bulucuKesim haritasıTranslasyon haritasıPrimer haritasıHizalamayı korunmuşluğa göre renklendirHizalamayı özelliklere göre renklendirKodon grafiğiPlazmit haritası görüntüleyiciRastgele DNA dizisiRastgele protein dizisiRastgele kodlayan DNARastgele DNA bölgeleriRastgele protein bölgeleriDNA örnekleProtein örnekleDNA karıştırProtein karıştırDNA mutasyonuProtein mutasyonuGenetik kodlarIUPAC kodları