DNA ikili hizalama
İki DNA dizisi nasıl hizalanır
- İki DNA dizisini yapıştır.
- Eşleşme ve uyumsuzluk puanlarını, boşluk açma ve uzatma cezalarını ayarla; bir dizi öbürünün içindeyse «Serbest uç boşlukları»nı işaretle.
- Hizalamayı özdeşlik, boşluklar ve puanla görmek için «Hizala»ya tıkla.
Sık sorulan sorular
Hangi yöntemi kullanıyor?
Afin boşluk cezalarıyla global hizalama (Needleman-Wunsch); böylece tek bir uzun boşluk birçok kısa boşluktan daha az maliyetlidir.
Diziler ne kadar uzun olabilir?
Yaklaşık 5.000’e 5.000 harf, çünkü bütün hizalama tarayıcında çalışır.
Dizilerim yükleniyor mu?
Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.
Diğer DNA ve protein dizisi araçları
Ters tamamlayıcıDNA’dan RNA’yaFASTA dizilerini birleştirFASTA dizisini bölGenBank’ten FASTA’yaEMBL’den FASTA’yaGenBank özellik çıkarıcıEMBL özellik çıkarıcıGenBank translasyon çıkarıcıEMBL translasyon çıkarıcıKodonlara bölDNA aralık çıkarıcıProtein aralık çıkarıcıDNA pencere çıkarıcıProtein pencere çıkarıcıDNA filtreleProtein filtreleDNA gruplaProtein gruplaTek harften üç harfli amino asit kodlarınaÜç harften tek harfli amino asit kodlarınaDNA istatistikleriProtein istatistikleriKodon kullanımıCpG adası bulucuDNA molekül ağırlığıProtein molekül ağırlığıProtein izoelektrik noktasıProtein GRAVYDNA desen bulmaProtein desen bulmaDNA bulanık aramaProtein bulanık aramaÖzdeşlik ve benzerlikORF bulucuDNA’yı proteine çevirTers translasyonProtein hizalamasının ters translasyonuPCR primer istatistikleriPCR ürünleriKesim özetiKesim için mutasyonProtein ikili hizalamaKodon ikili hizalamaKodon optimizasyonuCRISPR kılavuz bulucuKesim haritasıTranslasyon haritasıPrimer haritasıHizalamayı korunmuşluğa göre renklendirHizalamayı özelliklere göre renklendirKodon grafiğiPlazmit haritası görüntüleyiciRastgele DNA dizisiRastgele protein dizisiRastgele kodlayan DNARastgele DNA bölgeleriRastgele protein bölgeleriDNA örnekleProtein örnekleDNA karıştırProtein karıştırDNA mutasyonuProtein mutasyonuGenetik kodlarIUPAC kodları