Hizalama ne yapar
Bir hizalama iki diziyi, eşleşen konumlar aynı sütunda duracak şekilde dizer. Bir dizide fazladan baz ya da kalıntı olan yerlerde öbürüne boşluklar (-) konur. Sonuç ikisinin nerede uyuştuğunu, nerede farklılaştığını ve nereye bir şey eklendiğini ya da nereden silindiğini gösterir.
İki diziyi hizala
- DNA ikili hizalama ya da Protein ikili hizalama aracını aç.
- İki diziyi yapıştır.
- Hizalamayı altındaki özdeşlik, boşluk sayısı ve puanla birlikte oku.
İki araç da dizileri uçtan uca, global olarak hizalar. Bu aynı genin ya da proteinin iki sürümüne uyar. Uzun bir dizinin içinde kısa bir parça bulmak için bir desen araması daha iyi araçtır.
Boşluklar ve puanlar
Her eşleşme puana ekler, her uyumsuzluk ve boşluk puandan düşer. Bir boşluk açmak var olan birini uzatmaktan daha pahalıdır; buna afin boşluk cezası denir. Biyolojiyi yansıtır: altı bazlık tek bir ekleme, altı ayrı tek bazlık eklemeden daha olasıdır. Protein hizalamaları uyumsuzlukları, lösin ile izolösin gibi benzer amino asitler arasındaki değişimleri neredeyse eşleşme sayan BLOSUM62 matrisiyle puanlar.
Özdeşlik ve benzerlik
Özdeşlik, hizalanmış konumların tamamen aynı olanlarının yüzdesidir. Proteinler için benzerlik kimyasal olarak benzer amino asitlerin bulunduğu konumları da sayar. İki protein %40 özdeş ve %60 benzer olabilir. Zaten hizalanmış birkaç dizi için Özdeşlik ve benzerlik her çift için değerleri verir.
Küçük bir örnek
ACGTTGCA
ACG-TGCAİkinci dizide bir T eksiktir. Sekiz sütunun yedisi eşleşir ve boşluk, birinde bir bazın eklendiği ya da diğerinde silindiği yeri gösterir.
Özdeşlik neye böldüğüne bağlıdır
Yedi eşleşme, hizalamanın her sütunu sayılarak 7 ÷ 8 = %87,5 ya da yalnızca kısa dizi sayılarak 7 ÷ 7 = %100 olarak bildirilebilir. Farklı programlar farklı seçer; bu yüzden değerleri karşılaştırırken hangisini kullandığını belirt.
Yaygın sorunlar
- Kısa bir dizi boşluklarla geriliyor. Küresel hizalama iki diziyi uçtan uca hizalamaya zorlar. Daha uzun bir dizinin içindeki bir parça için yerel hizalama ya da arama kullan.
- Bir dizileme okuması zar zor hizalanıyor. Diğer iplikten geliyor olabilir. Ters tamamlayıcısını al ve yeniden hizala.
- Uzak genler DNA olarak kötü hizalanıyor. Birçok baz değişimi sessiz olduğu için protein DNA’dan daha yavaş değişir. İkisini çevir ve proteinleri hizala.