Kodonlar
Protein kodlayan bir dizi üçer baz okunur. Üç bazlık her kodon bir amino asidi ya da durdurmayı temsil eder. ATG metiyonini kodlar ve olağan başlangıç kodonudur. Standart kodda TAA, TAG ve TGA durdurma kodonlarıdır. ATGGCTTAA, * durdurmayı göstermek üzere M A * olarak çevrilir.
Altı okuma çerçevesi
Birinci, ikinci ya da üçüncü bazdan başlamak bir zincirin üç farklı çevirisini verir, ters tamamlayıcı da üç tane daha. Altısından genellikle yalnızca biri gerçek proteindir. Doğru çerçeve normalde açık okuma çerçevesi denen, durdurma kodonu içermeyen uzun bir bölümdür.
Daha uzun bir dizide proteini bul
- DNA’yı ORF bulucuya yapıştır ve 100 kodon gibi bir en küçük uzunluk ayarla.
- İki zincirdeki en uzun açık okuma çerçevelerini kontrol et.
- Kodon kodon görmek için istediğini DNA’yı proteine çevir aracına kopyala.
Genetik kodlar
Çoğu organizma standart kodu kullanır, ama hepsi değil. Omurgalı mitokondrilerinde TGA triptofanı kodlar, AGA ve AGG ise durdurmadır; bazı bakterilerin, mayaların ve siliyatların kendi varyasyonları vardır. Uyan NCBI genetik kodunu seç, yoksa bir mitokondriyal gen durdurma kodonlarıyla dolu görünür.
Geriye gitmek
Çoğu amino asidi birkaç kodon kodlar, bu yüzden bir protein tek bir kesin DNA dizisi vermez. Ters translasyon olasılıkları IUPAC kodlarıyla yazar ya da bir kodon kullanım tablosundaki en sık kodonu kullanır.
Bir dizi, üç çerçeve
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGA dizisi ilk üç bazının her birinden okunduğunda:
| Çerçeve | Kodonlar | Protein |
|---|---|---|
| 1 | ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA | M A I V M G R * |
| 2 | TGG CCA TTG TAA TGG GCC GCT | W P L * W A A |
| 3 | GGC CAT TGT AAT GGG CCG CTG | G H C N G P L |
1. çerçeve ATG ile başlar ve bir durdurma kodonunda temiz biçimde biter; bu da onu olası kodlayıcı çerçeve olarak işaretler.
Yaygın sorunlar
- Protein durdurmalarla dolu. Dizi, intron içeren genomik DNA olabilir. Geni genomdaki haliyle değil, kodlayıcı diziyi ya da mRNA’yı çevir.
- Proteinde X görünüyor. Bir kodon N ya da başka bir belirsizlik kodu içeriyor; yani amino asidi bilinemiyor.
- Bakteri genleri ATG olmadan başlıyor. Bakteriler başlangıç kodonu olarak GTG ve TTG de kullanır. Bir genin başında bunlar yine metiyonini kodlar.
- Bilinen bir proteinin içinde bir durdurma var. Birkaç protein, mRNA’daki özel bir yapının yönlendirmesiyle bir UGA kodonunda selenosistein yerleştirir. Translasyon araçları orada bir durdurma gösterir.