Protein sentezi simülatörü: transkripsiyon ve translasyon

Protein sentezi simülatörü nasıl kullanılır

1. Bir gen seç ya da kendi DNA’nı yaz (kodlayan zincir, 5′’ten 3′’e). RNA polimeraz çift sarmalı açar ve boyunca mesajcı RNA kurar; kodlayan zincirle aynı dizi, yalnızca T yerine U. Sonra bir ribozom ilk AUG’yi bulur ve mRNA’yı üçer baz okur; her taşıyıcı RNA kendi kodonunun amino asidini getirir ve zincir bir durdurma kodonuna kadar uzar.
2. Sonuçlar mRNA’yı, başlangıç kodonundan itibaren kodonları, proteini tek ve üç harfli kodla ve kütlesini gösterir. Bir mutasyon yap: bir yer değiştirme, ekleme ya da silme, konumunu ve yeni bazı seç. Simülasyon iki proteini karşılaştırır ve etkiyi adlandırır: sessiz, yanlış anlamlı, anlamsız, çerçeve kayması, kaybolan başlangıç ya da kaybolan durdurma. β-globinde 20. bazda T’ye yer değiştirme orak hücre mutasyonudur.
3. Grafik özgün ve mutasyonlu proteinin hidropatisini kalıntı kalıntı çizer; bir çerçeve kayması mutasyondan sonraki her şeyi karıştırır. Hangi genin canlandırılacağını, özgün mü mutasyonlu mu, ve hızı seç. DNA’yı proteine çevir ve ORF bulucu araçları uzun dizileri altı okuma çerçevesinin hepsinde işler.

Sık sorulan sorular

Transkripsiyon ve translasyon nedir?

Transkripsiyon bir genin DNA’sını, kalıp zinciri okuyan RNA polimerazın yaptığı mesajcı RNA’ya kopyalar. Translasyon mRNA’yı proteine çevirir: bir ribozom onu kodon kodon, üçer baz okur ve taşıyıcı RNA’lar eşleşen amino asitleri getirir. Bakterilerde ikisi de sitoplazmada aynı anda olur; ökaryotlarda mRNA önce çekirdekte yapılır ve işlenir.

Kaç kodon vardır?

Dört bazın üçerli birleşimleri 4³ = 64 kodon verir. Altmış biri 20 amino asidi kodlar, bu yüzden çoğu amino asidin birkaç kodonu vardır; üçü (UAA, UAG, UGA) durdurma kodonudur. AUG metiyonini kodlar ve translasyonun başladığı yeri de işaretler.

Yanlış anlamlı, anlamsız ve çerçeve kayması mutasyonları arasındaki fark nedir?

Yanlış anlamlı mutasyon bir kodonu başka bir amino aside çevirir; GAG’nin GTG’ye, glutamatın valine dönüştüğü orak hücre hastalığındaki gibi. Anlamsız mutasyon bir kodonu durdurmaya çevirir ve proteini kısa keser. Üçün katı olmayan sayıda baz ekleyen ya da silen çerçeve kayması kendinden sonraki her kodonu değiştirir. Sessiz mutasyon bir kodonu aynı amino asidin başka bir kodonuna çevirir.

Orak hücre mutasyonu 7. kodondaysa neden Glu6Val deniyor?

Geleneksel olarak hemoglobin proteinindeki konumlar, başlangıç metiyonini çıkarıldıktan sonra bitmiş zincirin ilk amino asidinden sayılır. Bu simülasyon metiyoninden saydığı için aynı değişim E7V olarak görünür.

WebGL’nin kapalı olduğunu söylüyor.

3B görünüm, güncel her tarayıcıda bulunan WebGL’ye ihtiyaç duyar. Tarayıcı ayarlarında donanım hızlandırma kapatılmışsa ya da grafik sürücüsü çok eskiyse kapalı olabilir. Donanım hızlandırmayı aç ya da başka bir tarayıcı dene.

Bir şey yükleniyor mu?

Hayır. Simülasyonu WebGL ile kendi tarayıcın çizer; hiçbir yere hiçbir şey gönderilmez ve sayfa yüklendikten sonra çevrimdışı da çalışmaya devam eder.