DNA ve RNA katlanma görüntüleyici
Bu benzetimdeki denklemler
| ΔG | katlanmanın serbest enerjisi (kcal/mol) | negatif, katlanmanın açık zincirden daha kararlı olduğu anlamına gelir; görüntüleyici en düşük ΔG’li eşleşmeyi, en düşük serbest enerjili yapıyı bulur | |
|---|---|---|---|
| ΔG_stack | her baz çiftinin bir sonrakinin üzerine istiflenme enerjisi | en yakın komşu tablolarından: RNA’da istif başına −0,9 ile −3,4 kcal/mol, DNA’da −0,6 ile −2,2, GC’ce zengin istifler en güçlüsü; bir gövdeyi bir arada tutan budur | |
| ΔG_loop | her ilmeğin bedeli | pozitif: bir saç tokası ilmeğini kapatmak 5 ile 6 kcal/mol, bir çıkıntı 3 ile 4, bir iç ilmek 1 ile 3, bir kavşak 3,4 tutar; bir gövde ancak istiflerinin kazancı ilmeklerinin bedelini aşarsa oluşur |
Mevcut değerlerle:
| T | Sıcaklık T (°C) | katlanma bu sıcaklıkta hesaplanır; sıcaklık arttıkça gövdeler erir | |
|---|---|---|---|
| ΔH | katlanmanın entalpisi | istiflerin oluşurken verdiği ısı, kcal/mol cinsinden | |
| ΔS | katlanmanın entropisi | zinciri ilmeklere bağlarken kaybedilen serbestlik, cal/(mol·K) cinsinden; hava ne kadar sıcaksa katlanmanın aleyhine o kadar çok sayılır |
Mevcut değerlerle:
| T_m | katlanmanın erime sıcaklığı | ΔG’nin sıfıra ulaştığı ve yapının dağıldığı yer; grafik ΔG’nin sıcaklığa karşı orada sıfırı kestiğini gösterir |
|---|
Mevcut değerlerle:
| n | bir ilmekteki eşleşmemiş baz sayısı | büyük ilmekler daha pahalıdır ama yavaş artar, Jacobson–Stockmayer terimi; en küçük saç tokası ilmeği 3 bazdır |
|---|
DNA ve RNA katlanma görüntüleyici nasıl kullanılır
- Tek bir zincirin dizisini (en çok 200 baz) yapıştır ve RNA ya da DNA seç. Görüntüleyici serbest enerjisi en düşük eşleşmeyi bulur ve çizer: gövdeler çift sarmal, aralarındaki halkalar çember olarak; her baz renklidir (yeşil A, kırmızı T ya da U, mavi G, sarı C).
- Resmin altında nokta-parantez gösterimindeki yapıyı oku; eşleşen parantezler eşleşmiş bazlar, noktalar eşleşmemiş bazlardır. Yanında serbest enerji, gövde ve firkete sayısı ve erime sıcaklığı yer alır.
- Sıcaklığı artır ve zincir açılana kadar önce en zayıf gövdelerin ayrıldığını izle; grafik katlanmanın serbest enerjisinin erime noktasında sıfırı geçtiğini gösterir. Kendi üzerine katlanmak yerine tamamlayıcısıyla eşleşen bir primer için erime sıcaklığını Primer Tm hesaplayıcı verir.
Sık sorulan sorular
Katlanma nasıl tahmin ediliyor?
mfold ve RNAfold gibi programların kullandığı en yakın komşu modeliyle: bir sonrakinin üzerine istiflenmiş her baz çifti ölçülmüş bir enerji katkısı yapar (G–C istifleri için güçlü biçimde negatif, A–U ya da A–T için daha zayıf) ve her halka türüne ve boyutuna göre enerji maliyeti getirir. Dinamik programlamalı bir arama her eşleşmeyi dener ve toplamı en düşük olanı, en düşük serbest enerjili yapıyı tutar. Buradaki enerjiler yayımlanmış RNA ve DNA tablolarının basitleştirilmiş hâlidir; özel bir program ayrıntıda, özellikle uzun dizilerde farklı sonuç verir ve hiçbir ikincil yapı yöntemi psödodüğümleri ya da G-kuadruplekslerini tahmin edemez.
Aptamer nedir?
Bir antikor gibi tek bir hedef moleküle sıkıca bağlanan bir biçime katlanmak üzere seçilmiş, genellikle 20 ile 80 baz uzunluğunda kısa bir DNA ya da RNA parçası. Onu işe yarar kılan katlanmasıdır; bu yüzden aptamer çalışmaları tam olarak bu tür bir yapı tahminiyle başlar. Varsayılan dizi, ilacı iç halkasında bağlayan teofilin RNA aptameridir.
Parantezler ne anlama geliyor?
Nokta-parantez gösterimi her baz için bir karakter yazar: eşleşmemiş baz için nokta, ileride bir bazla eşleşen baz için açılan parantez ve eşi için kapanan parantez. ((((....)))) dört bazlı halkası olan dört çiftlik bir firkettir.
RNA neden katlanıyor da DNA genellikle çift sarmal?
İkisi de tek zincirliyken kendi üzerine katlanabilir. Hücredeki DNA çoğunlukla tamamlayıcı zinciriyle eşleşmiştir, bu yüzden katlanacak serbest bazı yoktur; RNA ise tek zincirli üretilir ve kopyalanır kopyalanmaz katlanır. Primer ya da DNA aptameri gibi tek zincirli DNA da, biraz daha zayıf gövdelerle, tıpkı RNA gibi katlanır.
WebGL’nin kapalı olduğunu söylüyor.
3B görünüm, güncel her tarayıcıda bulunan WebGL’ye ihtiyaç duyar. Tarayıcı ayarlarında donanım hızlandırma kapatılmışsa ya da grafik sürücüsü çok eskiyse kapalı olabilir. Donanım hızlandırmayı aç ya da başka bir tarayıcı dene.
Bir şey yükleniyor mu?
Hayır. Simülasyonu WebGL ile kendi tarayıcın çizer; hiçbir yere hiçbir şey gönderilmez ve sayfa yüklendikten sonra çevrimdışı da çalışmaya devam eder.