Enzim kinetiği simülatörü
Bu benzetimdeki denklemler
| v | tepkime hızı | saniyede oluşan ürün, µM/s; eğri düşük [S]'de dik yükselir ve Vmax’ta düzleşir | |
|---|---|---|---|
| [S] | substrat derişimi (kullanıldıkça düşer) | Substrat derişimi [S]₀’dan başlar | |
| Km | Michaelis sabiti Km (mM) | hızın Vmax’ın yarısı olduğu [S]; düşük Km, enzimin substratı az olsa bile yakaladığı anlamına gelir | |
| Vmax | en yüksek hız | her enzim meşgulken ulaşılır |
Mevcut değerlerle:
| kcat | Dönüşüm sayısı kcat (saniye başına) | doygunken bir enzimin saniyede dönüştürdüğü substrat molekülü: birçok enzim için yaklaşık 100, katalaz için 10⁶ | |
|---|---|---|---|
| [E]₀ | Enzim derişimi [E]₀ (µM) | enzimi iki katına çıkarmak Vmax’ı iki katına çıkarır ama Km’ye dokunmaz |
Mevcut değerlerle:
| [I] | İnhibitör derişimi [I] (mM) | ||
|---|---|---|---|
| Ki | İnhibisyon sabiti Ki (mM) | serbest enzimi yarıya indiren inhibitör derişimi; ne kadar düşükse inhibitör o kadar güçlüdür | |
| Km′, Vmax′ | inhibitörle görünür sabitler | yarışmalı bir inhibitör daha fazla substratla alt edilebilir, bu yüzden Vmax değişmez; yarışmasız biri edilemez |
Mevcut değerlerle:
| 1 ÷ v | Lineweaver–Burk grafiği | bir doğru: y eksenini 1 ÷ Vmax’ta, x eksenini −1 ÷ Km’de keser; bu yüzden inhibitörler dönen (yarışmalı), yukarı kayan (yarışmasız) ya da paralel kayan (yarışmasız-ötesi) doğrular olarak görünür |
|---|
Mevcut değerlerle:
| uydurulmuş Km, Vmax | deney serisinden | sekiz substrat derişiminde başlangıç hızları, her biri yüzde birkaç ölçüm gürültülü, en küçük kareler ile uydurulmuş |
|---|
Mevcut değerlerle:
Enzim kinetiği simülatörü nasıl kullanılır
- Substrat derişimini, Km’yi, kcat’i ve enzim derişimini ayarla. Kutuda yeşil substrat molekülleri mavi enzimlerce yakalanır, aktif bölgede tutulur ve sarı ürün olarak salınır; gösterge ve grafikler substrat tükendikçe hızın düştüğünü gösterir.
- Sekiz substrat derişiminde, biraz ölçüm gürültüsüyle başlangıç hızını ölçmek ve Michaelis–Menten eğrisini bunlara uydurmak için «Bir deney serisi yap»a bas. Uydurulan Km ve Vmax resmin altında görünür; aynı verileri düz bir çizgi olarak görmek için grafiği Lineweaver–Burk’e çevir.
- Bir inhibitör ekle ve seriyi yeniden yap. Yarışmalı inhibitör Km’yi artırır ve Vmax’a dokunmaz, yarışmasız inhibitör Vmax’ı düşürür ve Km’ye dokunmaz, yarı yarışmalı inhibitör ise ikisini de düşürür; gri eğri inhibitörsüz enzimdir. Bir doz-yanıt serisinden yarı maksimal inhibitör derişimi için IC50 hesaplayıcıyı kullan.
Sık sorulan sorular
Km ve Vmax ne anlama geliyor?
Vmax, her enzim molekülü meşgulken enzimin ulaşabileceği en yüksek hızdır: Vmax = kcat × [E]. Michaelis sabiti Km, Vmax’ın yarısını veren substrat derişimidir. Düşük Km, enzimin az substrat varken bile iyi çalıştığı anlamına gelir. Vmax ne kadar enzim eklediğine bağlıdır; Km bağlı değildir.
Hız neden düzleşiyor?
Düşük substratta enzimlerin çoğu boştadır, bu yüzden substratı iki katına çıkarmak hızı neredeyse iki katına çıkarır. Yüksek substratta neredeyse her enzim zaten bir substrat molekülü tutuyordur, bu yüzden daha fazlasını eklemek işi hızlandıramaz: enzim doymuştur ve hız Vmax’a yaklaşır.
Üç inhibitör türü nasıl farklıdır?
Yarışmalı inhibitör aktif bölgeye oturur, yani substratla yarışır: enzimi substrata boğarsan inhibitör dışarı itilir; Vmax değişmez ama daha fazla substrat gerekir, yani görünür Km yükselir. Yarışmasız inhibitör başka bir yere bağlanır ve substrat ne yaparsa yapsın enzimi devre dışı bırakarak Vmax’ı düşürür. Yarı yarışmalı inhibitör yalnızca enzim-substrat kompleksine bağlanır ve ikisini de düşürür.
Neden Lineweaver–Burk yerine eğri uyduruluyor?
1/v almak en yavaş ölçümlerdeki gürültüyü büyütür ve bu ölçümler doğru uydurmasına hâkim olur. Michaelis–Menten eğrisinin doğrudan en küçük kareler uydurması tüm noktaları adil tartar ve daha iyi Km ile Vmax verir. Çift ters grafik yine de inhibitör türlerini gözle ayırmanın en açık yoludur.
WebGL’nin kapalı olduğunu söylüyor.
3B görünüm, güncel her tarayıcıda bulunan WebGL’ye ihtiyaç duyar. Tarayıcı ayarlarında donanım hızlandırma kapatılmışsa ya da grafik sürücüsü çok eskiyse kapalı olabilir. Donanım hızlandırmayı aç ya da başka bir tarayıcı dene.
Bir şey yükleniyor mu?
Hayır. Simülasyonu WebGL ile kendi tarayıcın çizer; hiçbir yere hiçbir şey gönderilmez ve sayfa yüklendikten sonra çevrimdışı da çalışmaya devam eder.