कोडॉन
प्रोटीन बनाने वाला सीक्वेंस तीन-तीन बेस करके पढ़ा जाता है। तीन बेस का हर कोडॉन एक अमीनो एसिड या स्टॉप दर्शाता है। ATG मेथियोनीन बनाता है और आम तौर पर स्टार्ट कोडॉन होता है। स्टैंडर्ड कोड में TAA, TAG और TGA स्टॉप कोडॉन हैं। ATGGCTTAA का ट्रांसलेशन M A * है, जहाँ * स्टॉप दिखाता है।
छह रीडिंग फ़्रेम
पहले, दूसरे या तीसरे बेस से शुरू करने पर एक स्ट्रैंड के तीन अलग ट्रांसलेशन मिलते हैं, और रिवर्स कॉम्प्लिमेंट से तीन और। आम तौर पर छह में से एक ही असली प्रोटीन होता है। सही फ़्रेम अक्सर बिना स्टॉप कोडॉन वाला लंबा हिस्सा होता है, जिसे ओपन रीडिंग फ़्रेम (ORF) कहते हैं।
लंबे सीक्वेंस में प्रोटीन ढूँढें
- DNA को ORF खोजक में पेस्ट करें और न्यूनतम लंबाई रखें, जैसे 100 कोडॉन।
- दोनों स्ट्रैंड पर सबसे लंबे ORF देखें।
- जो चाहिए उसे DNA को प्रोटीन में ट्रांसलेट करें में कॉपी करें और कोडॉन-दर-कोडॉन देखें।
जेनेटिक कोड
ज़्यादातर जीव स्टैंडर्ड कोड इस्तेमाल करते हैं, पर सभी नहीं। वर्टिब्रेट माइटोकॉन्ड्रिया में TGA ट्रिप्टोफ़ैन बनाता है और AGA व AGG स्टॉप हैं, और कुछ बैक्टीरिया, यीस्ट और सिलिएट के अपने बदलाव हैं। सही NCBI जेनेटिक कोड चुनें, वरना माइटोकॉन्ड्रियल जीन स्टॉप से भरा दिखेगा।
उलटी दिशा में
ज़्यादातर अमीनो एसिड के कई कोडॉन होते हैं, इसलिए एक प्रोटीन से एक पक्का DNA सीक्वेंस नहीं मिलता। रिवर्स ट्रांसलेट संभावनाओं को IUPAC कोड में लिखता है, या कोडॉन यूसेज टेबल से सबसे ज़्यादा इस्तेमाल होने वाला कोडॉन लेता है।
एक अनुक्रम, तीन फ़्रेम
अनुक्रम ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGA को उसके पहले तीन बेस में से हर एक से पढ़ने पर:
| फ़्रेम | कोडॉन | प्रोटीन |
|---|---|---|
| 1 | ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA | M A I V M G R * |
| 2 | TGG CCA TTG TAA TGG GCC GCT | W P L * W A A |
| 3 | GGC CAT TGT AAT GGG CCG CTG | G H C N G P L |
फ़्रेम 1 ATG से शुरू होकर साफ़ तौर पर एक स्टॉप कोडॉन पर ख़त्म होता है, इसलिए यही संभावित कोडिंग फ़्रेम है।
आम समस्याएँ
- प्रोटीन में बहुत सारे स्टॉप हैं। अनुक्रम शायद इंट्रॉन वाला जीनोमिक DNA है। कोडिंग अनुक्रम या mRNA का अनुवाद करें, जीनोम में मौजूद पूरे जीन का नहीं।
- प्रोटीन में X आता है। किसी कोडॉन में N या कोई और अस्पष्टता कोड है, इसलिए उसका अमीनो एसिड पता नहीं चल सकता।
- बैक्टीरिया के जीन ATG के बिना शुरू होते हैं। बैक्टीरिया GTG और TTG को भी स्टार्ट कोडॉन की तरह इस्तेमाल करते हैं। जीन की शुरुआत में ये भी मेथियोनीन ही बनाते हैं।
- किसी जाने-माने प्रोटीन के बीच में स्टॉप। कुछ प्रोटीन UGA कोडॉन पर सेलेनोसिस्टीन जोड़ते हैं, जिसे mRNA की एक ख़ास संरचना निर्देशित करती है। अनुवाद टूल वहाँ स्टॉप दिखाते हैं।