कोडॉन
प्रोटीन बनाने वाला सीक्वेंस तीन-तीन बेस करके पढ़ा जाता है। तीन बेस का हर कोडॉन एक अमीनो एसिड या स्टॉप दर्शाता है। ATG मेथियोनीन बनाता है और आम तौर पर स्टार्ट कोडॉन होता है। स्टैंडर्ड कोड में TAA, TAG और TGA स्टॉप कोडॉन हैं। ATGGCTTAA का ट्रांसलेशन M A * है, जहाँ * स्टॉप दिखाता है।
छह रीडिंग फ़्रेम
पहले, दूसरे या तीसरे बेस से शुरू करने पर एक स्ट्रैंड के तीन अलग ट्रांसलेशन मिलते हैं, और रिवर्स कॉम्प्लिमेंट से तीन और। आम तौर पर छह में से एक ही असली प्रोटीन होता है। सही फ़्रेम अक्सर बिना स्टॉप कोडॉन वाला लंबा हिस्सा होता है, जिसे ओपन रीडिंग फ़्रेम (ORF) कहते हैं।
लंबे सीक्वेंस में प्रोटीन ढूँढें
- DNA को ORF खोजक में पेस्ट करें और न्यूनतम लंबाई रखें, जैसे 100 कोडॉन।
- दोनों स्ट्रैंड पर सबसे लंबे ORF देखें।
- जो चाहिए उसे DNA को प्रोटीन में ट्रांसलेट करें में कॉपी करें और कोडॉन-दर-कोडॉन देखें।
जेनेटिक कोड
ज़्यादातर जीव स्टैंडर्ड कोड इस्तेमाल करते हैं, पर सभी नहीं। वर्टिब्रेट माइटोकॉन्ड्रिया में TGA ट्रिप्टोफ़ैन बनाता है और AGA व AGG स्टॉप हैं, और कुछ बैक्टीरिया, यीस्ट और सिलिएट के अपने बदलाव हैं। सही NCBI जेनेटिक कोड चुनें, वरना माइटोकॉन्ड्रियल जीन स्टॉप से भरा दिखेगा।
उलटी दिशा में
ज़्यादातर अमीनो एसिड के कई कोडॉन होते हैं, इसलिए एक प्रोटीन से एक पक्का DNA सीक्वेंस नहीं मिलता। रिवर्स ट्रांसलेट संभावनाओं को IUPAC कोड में लिखता है, या कोडॉन यूसेज टेबल से सबसे ज़्यादा इस्तेमाल होने वाला कोडॉन लेता है।