Codones
Una secuencia codificante se lee de tres en tres bases. Cada codón de tres bases corresponde a un aminoácido o a una señal de parada. ATG codifica metionina y es el codón de inicio habitual. TAA, TAG y TGA son los codones de parada del código estándar. ATGGCTTAA se traduce como M A *, donde * marca la parada.
Seis marcos de lectura
Empezar en la primera, la segunda o la tercera base da tres traducciones distintas de una hebra, y la complementaria inversa da otras tres. Normalmente solo una de las seis es la proteína real. El marco correcto suele ser un tramo largo sin codones de parada, llamado marco abierto de lectura (ORF).
Encontrar la proteína en una secuencia más larga
- Pega el ADN en el Buscador de ORF y fija una longitud mínima, por ejemplo 100 codones.
- Revisa los ORF más largos de las dos hebras.
- Copia el que quieras en Traducir ADN a proteína para verlo codón a codón.
Códigos genéticos
La mayoría de los organismos usan el código estándar, pero no todos. En las mitocondrias de vertebrados TGA codifica triptófano y AGA y AGG son de parada, y algunas bacterias, levaduras y ciliados tienen sus propias variantes. Elige el código genético del NCBI que corresponda o un gen mitocondrial parecerá lleno de paradas.
En sentido contrario
La mayoría de los aminoácidos tienen varios codones, así que una proteína no da una única secuencia de ADN. Traducción inversa escribe las posibilidades con códigos IUPAC o usa el codón más frecuente de una tabla de uso de codones.
Una secuencia, tres marcos
La secuencia ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGA leída desde cada una de sus tres primeras bases:
| Marco | Codones | Proteína |
|---|---|---|
| 1 | ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA | M A I V M G R * |
| 2 | TGG CCA TTG TAA TGG GCC GCT | W P L * W A A |
| 3 | GGC CAT TGT AAT GGG CCG CTG | G H C N G P L |
El marco 1 empieza con ATG y termina limpiamente en un codón de parada, lo que lo señala como el marco codificante probable.
Problemas frecuentes
- La proteína está llena de paradas. La secuencia puede ser ADN genómico con intrones. Traduce la secuencia codificante o el ARNm, no el gen tal como está en el genoma.
- Aparece una X en la proteína. Un codón contiene N u otro código de ambigüedad, así que no se puede saber su aminoácido.
- Genes bacterianos que no empiezan por ATG. Las bacterias usan también GTG y TTG como codones de inicio. Al principio de un gen siguen codificando metionina.
- Una parada dentro de una proteína conocida. Algunas proteínas insertan selenocisteína en un codón UGA, guiadas por una estructura especial del ARNm. Las herramientas de traducción muestran ahí una parada.