Cómo obtener la complementaria inversa de una secuencia de ADN

Por qué importa la complementaria inversa

El ADN tiene dos hebras que van en sentidos opuestos. Las secuencias se escriben de 5′ a 3′, así que la otra hebra, leída en su propio sentido 5′ a 3′, es la complementaria inversa. La necesitas para diseñar un cebador reverso, leer un gen que está en la hebra negativa o comparar una lectura de secuenciación que salió de la hebra opuesta.

Calcularla a mano

1. Cambia cada base por su pareja: A ↔ T y G ↔ C.
2. Lee el resultado al revés.

Para 5′-ATGCCTAG-3′ la complementaria es TACGGATC y la complementaria inversa es 5′-CTAGGCAT-3′. Invertir sin complementar da GATCCGTA, que es otra secuencia y un error frecuente.

Códigos de ambigüedad y ARN

Los códigos IUPAC también tienen pareja: R (A o G) se empareja con Y (C o T), K con M, y B, D, H y V con V, H, D y B. S, W y N no cambian. En el ARN, U ocupa el lugar de T.

Hazlo en el navegador

1. Abre Complementaria inversa.
2. Pega una secuencia, o muchas en formato FASTA.
3. Elige complementaria inversa, inversa o complementaria. Se conservan los títulos, las mayúsculas y minúsculas y los códigos de ambigüedad.

Para cambiar T por U, usa ADN a ARN.

Diseñar un cebador reverso

Un cebador reverso se une al final de la región que quieres copiar, en la otra hebra. Toma las últimas 18 a 25 bases de la hebra superior y calcula su complementaria inversa. Si la región termina en 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′, el cebador reverso es 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′.

Secuencias que son su propia complementaria inversa

Muchos sitios de restricción se leen igual en las dos hebras. GAATTC, el sitio de EcoRI, tiene como complementaria CTTAAG, que leída al revés vuelve a ser GAATTC. Por esos palíndromos un sitio aparece una sola vez, busques en la hebra que busques.

Problemas frecuentes

• Números y espacios en el resultado. Las secuencias copiadas de GenBank o de un artículo pueden llevar números de posición y espacios. Límpialos antes, o usa una herramienta que los ignore.
• Pedir la complementaria, no la complementaria inversa. Un cebador pedido como complementaria simple se lee de 3′ a 5′ y no funcionará. Escribe y pide siempre los cebadores de 5′ a 3′.
• Minúsculas. Las bases en minúscula suelen marcar repeticiones o colas de cebadores; una buena herramienta conserva la caja de cada base al invertir.