Contenido GC
El contenido GC es la proporción de bases que son G o C: (G + C) ÷ longitud. ATGCGC tiene 4 de 6, un 66,7 %. Los pares G–C tienen tres puentes de hidrógeno en lugar de dos, así que el ADN rico en GC se desnaturaliza a más temperatura, algo importante para cebadores y sondas de PCR. Estadísticas de ADN da el recuento de bases, el contenido GC y AT y los dinucleótidos.
Peso molecular
Una estimación rápida para el ADN de doble cadena son unos 650 daltons por par de bases, y para las proteínas unos 110 daltons por aminoácido. Las herramientas Peso molecular de ADN y Peso molecular de proteína suman en cambio la masa exacta de cada base o residuo.
Punto isoeléctrico
El punto isoeléctrico (pI) es el pH en el que una proteína no tiene carga neta. Se estima a partir del número de residuos ácidos y básicos y del pKa de cada uno. Distintos juegos de valores de pKa dan resultados que difieren unas décimas, así que tómalo como orientación, por ejemplo al elegir un tampón para una cromatografía de intercambio iónico. Punto isoeléctrico de proteína también da la carga a cualquier pH.
GRAVY
El promedio general de hidropatía es la media de los valores de hidropatía de Kyte–Doolittle de todos los residuos. Los valores positivos indican una proteína hidrófoba en conjunto y los negativos, hidrófila; las proteínas de membrana suelen puntuar más alto que las solubles. GRAVY de proteína también da un valor de hidropatía para cada ventana a lo largo de la secuencia, donde tramos de unos 20 residuos hidrófobos pueden indicar hélices transmembrana.
Islas CpG
Las islas CpG son tramos ricos en dinucleótidos CG, a menudo cerca de los promotores de genes en vertebrados. Una definición común es una ventana de al menos 200 bases con un contenido GC superior al 50 % y una relación CpG observada/esperada superior a 0,6; el Buscador de islas CpG usa esos valores por defecto.
Uso de codones
La mayoría de los aminoácidos tienen varios codones, y cada organismo prefiere unos sobre otros. Una tabla de uso de codones muestra con qué frecuencia se usa cada uno, por mil codones y como proporción entre sus sinónimos, lo que ayuda a adaptar un gen para expresarlo en otro organismo. Consulta Uso de codones, y Estadísticas de proteína para la composición de aminoácidos.