GC 함량
GC 함량은 염기 중 G나 C의 비율입니다: (G + C) ÷ 길이. ATGCGC는 6개 중 4개로 66.7%입니다. G–C 쌍은 수소 결합이 2개가 아니라 3개라서 GC가 많은 DNA일수록 높은 온도에서 풀리며, PCR 프라이머와 프로브 설계에서 중요합니다. DNA 통계로 염기 수, GC·AT 함량, 모든 다이뉴클레오타이드를 볼 수 있습니다.
분자량
빠르게 어림할 때 이중 가닥 DNA는 염기쌍당 약 650달톤, 단백질은 아미노산 하나당 약 110달톤입니다. DNA 분자량과 단백질 분자량은 대신 각 염기나 잔기의 정확한 질량을 더해 구합니다.
등전점
등전점(pI)은 단백질의 순전하가 0이 되는 pH입니다. 산성·염기성 잔기의 수와 각각의 pKa로 추정합니다. 어떤 pKa 값 묶음을 쓰느냐에 따라 결과가 0.몇 정도 달라지므로, 이온 교환 크로마토그래피용 완충액을 고를 때처럼 참고값으로 쓰세요. 단백질 등전점은 원하는 pH에서의 전하도 알려 줍니다.
GRAVY
GRAVY(grand average of hydropathy)는 모든 잔기의 Kyte–Doolittle 소수성 값의 평균입니다. 양수면 전체적으로 소수성, 음수면 친수성이며, 막단백질은 수용성 단백질보다 높게 나오는 경향이 있습니다. 단백질 GRAVY는 서열을 따라 창(window)마다 소수성 값도 내주며, 약 20개 소수성 잔기가 이어진 구간은 막관통 나선의 단서가 될 수 있습니다.
CpG 섬
CpG 섬은 CG 다이뉴클레오타이드가 많은 구간으로, 척추동물에서는 유전자 프로모터 근처에 자주 있습니다. 흔히 쓰는 정의는 200염기 이상의 창에서 GC 함량이 50%를 넘고 CpG 관측값/기댓값 비가 0.6을 넘는 것이며, CpG 섬 찾기는 이를 기본값으로 씁니다.
코돈 사용 빈도
대부분의 아미노산에는 여러 코돈이 있고, 생물마다 선호하는 코돈이 다릅니다. 코돈 사용 빈도표는 각 코돈의 사용 빈도를 1,000코돈당 수와 동의 코돈 사이의 비율로 보여 주어, 유전자를 다른 생물에서 발현시키도록 최적화할 때 도움이 됩니다. 코돈 사용 빈도를, 아미노산 조성에는 단백질 통계를 쓰세요.