Estatísticas de sequências de DNA e proteínas explicadas

Conteúdo GC

O conteúdo GC é a fração de bases que são G ou C: (G + C) ÷ comprimento. ATGCGC tem 4 de 6, ou 66,7%. Os pares G–C têm três pontes de hidrogênio em vez de duas, então o DNA rico em GC desnatura a temperaturas mais altas, o que importa para primers e sondas de PCR. Estatísticas de DNA dá a contagem de bases, o conteúdo GC e AT e os dinucleotídeos.

Peso molecular

Uma estimativa rápida para DNA de fita dupla é cerca de 650 daltons por par de bases, e para proteínas cerca de 110 daltons por aminoácido. As ferramentas Peso molecular de DNA e Peso molecular de proteína somam, em vez disso, a massa exata de cada base ou resíduo.

Ponto isoelétrico

O ponto isoelétrico (pI) é o pH em que uma proteína não tem carga líquida. Ele é estimado a partir do número de resíduos ácidos e básicos e do pKa de cada um. Conjuntos diferentes de pKa dão respostas que variam alguns décimos, então use o resultado como orientação, por exemplo ao escolher um tampão para cromatografia de troca iônica. Ponto isoelétrico de proteína também dá a carga em qualquer pH.

GRAVY

A média geral de hidropatia é a média dos valores de hidropatia de Kyte–Doolittle de todos os resíduos. Valores positivos indicam uma proteína hidrofóbica no geral, e negativos, hidrofílica; proteínas de membrana tendem a pontuar mais alto que as solúveis. GRAVY de proteína também dá um valor de hidropatia para cada janela ao longo da sequência, em que trechos de cerca de 20 resíduos hidrofóbicos podem indicar hélices transmembrana.

Ilhas CpG

Ilhas CpG são trechos ricos em dinucleotídeos CG, muitas vezes perto de promotores de genes em vertebrados. Uma definição comum é uma janela de pelo menos 200 bases com conteúdo GC acima de 50% e razão CpG observada/esperada acima de 0,6; o Localizador de ilhas CpG usa esses valores por padrão.

Uso de códons

A maioria dos aminoácidos tem vários códons, e cada organismo prefere alguns. Uma tabela de uso de códons mostra com que frequência cada um é usado, por mil códons e como fração entre os sinônimos, o que ajuda a adaptar um gene para expressão em outro organismo. Veja Uso de códons, e Estatísticas de proteína para a composição de aminoácidos.

Ferramentas deste guia

Estatísticas de DNA Estatísticas de proteína Peso molecular de DNA Peso molecular de proteína Ponto isoelétrico de proteína GRAVY de proteína Localizador de ilhas CpG Uso de códons

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