GC-Gehalt
Der GC-Gehalt ist der Anteil der Basen, die G oder C sind: (G + C) ÷ Länge. ATGCGC hat 4 von 6, also 66,7 %. G–C-Paare haben drei statt zwei Wasserstoffbrücken, deshalb schmilzt GC-reiche DNA bei höherer Temperatur, was für PCR-Primer und Sonden wichtig ist. DNA-Statistik liefert Basenzahlen, GC- und AT-Gehalt und alle Dinukleotide.
Molekulargewicht
Als schnelle Schätzung hat doppelsträngige DNA etwa 650 Dalton pro Basenpaar und ein Protein etwa 110 Dalton pro Aminosäure. DNA-Molekulargewicht und Protein-Molekulargewicht addieren stattdessen die genauen Massen jeder Base oder jedes Rests.
Isoelektrischer Punkt
Der isoelektrische Punkt (pI) ist der pH-Wert, bei dem ein Protein keine Nettoladung trägt. Er wird aus der Zahl saurer und basischer Reste und deren pKa-Werten geschätzt. Verschiedene pKa-Sätze liefern Werte, die einige Zehntel auseinanderliegen; nimm das Ergebnis also als Richtwert, etwa bei der Wahl eines Puffers für die Ionenaustauschchromatographie. Isoelektrischer Punkt von Proteinen zeigt auch die Ladung bei jedem pH.
GRAVY
Der Grand Average of Hydropathy ist der Mittelwert der Hydropathie-Werte nach Kyte–Doolittle über alle Reste. Positive Werte bedeuten insgesamt hydrophob, negative hydrophil; Membranproteine liegen meist höher als lösliche. Protein-GRAVY gibt außerdem für jedes Fenster entlang der Sequenz einen Hydropathie-Wert aus; Abschnitte von etwa 20 hydrophoben Resten können auf Transmembranhelices hindeuten.
CpG-Inseln
CpG-Inseln sind Abschnitte mit vielen CG-Dinukleotiden, bei Wirbeltieren oft nahe an Genpromotoren. Eine gängige Definition ist ein Fenster von mindestens 200 Basen mit über 50 % GC-Gehalt und einem Verhältnis von beobachteten zu erwarteten CpG über 0,6; der CpG-Insel-Finder nutzt diese Werte standardmäßig.
Codon-Usage
Die meisten Aminosäuren haben mehrere Codons, und Organismen bevorzugen manche davon. Eine Codon-Usage-Tabelle zeigt, wie oft jedes verwendet wird, pro tausend Codons und als Anteil unter seinen Synonymen, was beim Anpassen eines Gens für die Expression in einem anderen Organismus hilft. Siehe Codon-Usage und für die Aminosäurezusammensetzung Protein-Statistik.