Codons
Eine kodierende Sequenz wird in Dreiergruppen gelesen. Jedes Codon aus drei Basen steht für eine Aminosäure oder für Stopp. ATG kodiert Methionin und ist das übliche Startcodon. TAA, TAG und TGA sind die Stoppcodons des Standardcodes. ATGGCTTAA wird zu M A *, wobei * den Stopp markiert.
Sechs Leseraster
Der Beginn an der ersten, zweiten oder dritten Base ergibt drei verschiedene Übersetzungen eines Strangs, das reverse Komplement drei weitere. Meist ist nur eine der sechs das echte Protein. Das richtige Raster ist in der Regel ein langer Abschnitt ohne Stoppcodons, ein offener Leserahmen (ORF).
Das Protein in einer längeren Sequenz finden
- Die DNA in den ORF-Finder einfügen und eine Mindestlänge festlegen, etwa 100 Codons.
- Die längsten offenen Leserahmen auf beiden Strängen ansehen.
- Den gewünschten in DNA in Protein übersetzen kopieren, um ihn Codon für Codon zu sehen.
Genetische Codes
Die meisten Organismen verwenden den Standardcode, aber nicht alle. In Mitochondrien von Wirbeltieren kodiert TGA Tryptophan, AGA und AGG sind Stoppcodons, und manche Bakterien, Hefen und Wimpertierchen haben eigene Varianten. Den passenden genetischen Code des NCBI wählen, sonst wirkt ein mitochondriales Gen voller Stopps.
In die andere Richtung
Für die meisten Aminosäuren gibt es mehrere Codons, ein Protein ergibt also keine eindeutige DNA-Sequenz. Die Rückübersetzung schreibt die Möglichkeiten mit IUPAC-Codes oder nimmt das häufigste Codon aus einer Codon-Usage-Tabelle.