لماذا يهم المتمم العكسي
لـ DNA سلسلتان تسيران في اتجاهين متعاكسين. تُكتب التسلسلات من ′5 إلى ′3، فالسلسلة الأخرى، مقروءة في اتجاهها ′5 إلى ′3، هي المتمم العكسي. تحتاجه لتصميم بادئة عكسية، أو لقراءة جين على السلسلة السالبة، أو لمقارنة قراءة تسلسل جاءت من السلسلة المقابلة.
احسبه يدويًا
- استبدل كل قاعدة بشريكتها: A ↔ T وG ↔ C.
- اقرأ النتيجة بالعكس.
لـ 5′-ATGCCTAG-3′ المتمم هو TACGGATC والمتمم العكسي هو 5′-CTAGGCAT-3′. العكس دون إتمام يعطي GATCCGTA، وهو تسلسل آخر وخطأ شائع.
رموز الالتباس وRNA
لرموز IUPAC أيضًا شركاء: R (A أو G) تتزاوج مع Y (C أو T)، وK مع M، وB وD وH وV مع V وH وD وB. أما S وW وN فلا تتغير. وفي RNA تحل U محل T.
افعله في المتصفح
- افتح المتمم العكسي.
- الصق تسلسلًا، أو تسلسلات كثيرة بصيغة FASTA.
- اختر المتمم العكسي أو العكسي أو المتمم. تُحفظ العناوين والأحرف الكبيرة والصغيرة ورموز الالتباس.
لاستبدال T بـ U، استخدم DNA إلى RNA.
تصميم بادئ عكسي
يرتبط البادئ العكسي بنهاية المنطقة التي تريد نسخها، على السلسلة الأخرى. خذ آخر 18 إلى 25 قاعدة من السلسلة العليا واحسب متممها العكسي. إن انتهت المنطقة بـ 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′، فالبادئ العكسي 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′.
تسلسلات هي متممها العكسي
كثير من مواقع التقييد تُقرأ بالطريقة نفسها على السلسلتين. GAATTC، موقع EcoRI، متممه CTTAAG، ومقروءًا بالعكس يعود GAATTC. وبسبب هذه التسلسلات المتناظرة يظهر الموقع مرة واحدة، أيًا كانت السلسلة التي تبحث فيها.
مشكلات شائعة
- أرقام ومسافات في النتيجة. التسلسلات المنسوخة من GenBank أو من مقالة قد تحمل أرقام مواضع ومسافات. نظّفها أولًا، أو استخدم أداة تتجاهلها.
- طلب المتمم لا المتمم العكسي. البادئ المطلوب كمتمم بسيط يُقرأ من 3′ إلى 5′ ولن يعمل. اكتب البادئات واطلبها دائمًا من 5′ إلى 3′.
- الأحرف الصغيرة. القواعد بالأحرف الصغيرة تعلّم عادةً التكرارات أو ذيول البادئات؛ والأداة الجيدة تحافظ على حالة كل قاعدة عند العكس.