كيف تحسب نسبة التطابق والتشابه

التطابق والتشابه

كلاهما يُقرأ من محاذاة، عمودًا عمودًا. نسبة التطابق هي حصة الأعمدة التي يكون فيها للتسلسلين البقية نفسها. ونسبة التشابه تعدّ أيضًا الأعمدة التي تختلف فيها البقايا لكنها متقاربة كيميائيًا، مثل اللوسين مقابل الأيزولوسين أو الأسبارتات مقابل الغلوتامات. والتشابه لا معنى له إلا في البروتينات؛ وفي الـ DNA، الرقم الذي يُستخدم هو التطابق.

المقام يهم

تسلسلان فيهما 90 عمودًا متطابقًا يمكن تقديمهما كتطابق 90% على محاذاة من 100 عمود، أو 75% على التسلسل الأطول ذي 120 بقية، أو 95% على الأعمدة الـ 95 الخالية من الفجوات. والأدوات تختلف:

• يقسم BLAST على طول المحاذاة، بما فيها الفجوات.
• يفعل EMBOSS Needle الشيء نفسه لكنه يبلّغ عن الفجوات منفصلة.
• بعض الأدوات تقسم على التسلسل الأقصر، مما يضخّم رقم قطعة قصيرة تطابق جزءًا من بروتين طويل.

حين تذكر رقمًا، قل على ماذا قُسم وهل كانت المحاذاة شاملة أم موضعية.

أي البقايا متشابهة

تتبع مجموعات التشابه عادةً الدرجات الموجبة في مصفوفة BLOSUM62. مجموعات معتادة: I وL وV وM؛ وF وY وW؛ وK وR وH؛ وD وE؛ وN وQ؛ وS وT؛ وA وG. ومعظم الأدوات تتيح رؤية القاعدة التي تستخدمها؛ وأداة التطابق والتشابه هنا تعلّم الأعمدة المتطابقة والمتشابهة كلًا على حدة.

ما معنى الأرقام

بروتينان يزيد تطابقهما على 30% على طولهما كله متماثلان تطوريًا في الغالب ويتشاركان الطيّ. وبين 20 و30% منطقة الشفق، حيث قد تكون المحاذاة حقيقية أو صدفة، وتكون القيمة E الإحصائية لبحث في قواعد البيانات دليلًا أفضل. ويتباعد الـ DNA أسرع في المواضع الصامتة، فجينان يرمّزان بروتينين شبه متطابقين قد لا يتطابقان إلا بنسبة 70% على مستوى الـ DNA.

احسبها

1. حاذِ التسلسلات بـ محاذاة بروتينين أو محاذاة تسلسلي DNA، أو الصق محاذاة لديك.
2. الصق التسلسلات المحاذاة في التطابق والتشابه. تعدّ الأعمدة المتطابقة والمتشابهة وتبلّغ عن النسبتين مع طول المحاذاة.