শতকরা অভিন্নতা আর সাদৃশ্য কীভাবে বের করবেন

অভিন্নতা আর সাদৃশ্য

দুটিই একটি সারিবদ্ধকরণ থেকে স্তম্ভ ধরে ধরে পড়া হয়। শতকরা অভিন্নতা হলো যে স্তম্ভগুলোতে দুটি ধারার একই অবশেষ আছে তাদের ভাগ। শতকরা সাদৃশ্য সেই স্তম্ভগুলোও গোনে, যেখানে অবশেষ আলাদা কিন্তু রাসায়নিকভাবে একই রকম, যেমন লিউসিনের বিপরীতে আইসোলিউসিন কিংবা অ্যাসপার্টেটের বিপরীতে গ্লুটামেট। সাদৃশ্যের মানে আছে কেবল প্রোটিনে; DNA-র বেলায় অভিন্নতাই নেওয়ার সংখ্যা।

হরটিতে এসে যায়

90টি অভিন্ন স্তম্ভওয়ালা দুটি ধারা একটি 100-স্তম্ভের সারিবদ্ধকরণে 90% অভিন্ন, 120-অবশেষের লম্বা ধারাটির ওপরে 75%, কিংবা যে 95টি স্তম্ভ ফাঁক নয় তাদের ওপরে 95% হিসেবে জানানো যেতে পারে। সরঞ্জামে সরঞ্জামে তফাত আছে:

• BLAST সারিবদ্ধকরণের দৈর্ঘ্য দিয়েই ভাগ করে, ফাঁকসহ।
• EMBOSS Needle একই করে তবে ফাঁক আলাদা করে জানায়।
• কিছু সরঞ্জাম ছোট ধারাটি দিয়ে ভাগ করে, যা একটি লম্বা প্রোটিনের অংশের সঙ্গে মেলা একটি ছোট টুকরোর সংখ্যাটি ফুলিয়ে দেয়।

একটি সংখ্যা বলার সময় তা কী দিয়ে ভাগ করা আর সারিবদ্ধকরণটি সামগ্রিক না স্থানীয় ছিল তা বলে দিন।

কোন অবশেষ সদৃশ

সাদৃশ্যের দল সাধারণত BLOSUM62 ছকের ধনাত্মক নম্বরগুলোই মেনে চলে। চেনা দল: I, L, V আর M; F, Y আর W; K, R আর H; D আর E; N আর Q; S আর T; A আর G। বেশির ভাগ সরঞ্জাম তাদের ব্যবহার করা নিয়মটি দেখতে দেয়; এখানকার অভিন্নতা আর সাদৃশ্যের সরঞ্জামটি অভিন্ন স্তম্ভ আর সদৃশগুলো আলাদা করে দাগিয়ে দেয়।

সংখ্যাগুলোর মানে কী

পুরো দৈর্ঘ্য জুড়ে 30%-র বেশি অভিন্ন দুটি প্রোটিন প্রায় সবসময়ই সমোৎপত্তিক আর একটি ভাঁজ ভাগ করে নেয়। 20 আর 30%-র মাঝেটা হলো গোধূলির জায়গা, যেখানে একটি সারিবদ্ধকরণ আসল কিংবা আকস্মিকও হতে পারে, আর একটি তথ্যভান্ডার খোঁজার পরিসংখ্যানগত E-মানই ভালো পথনির্দেশ। DNA নীরব জায়গায় দ্রুত সরে যায়, তাই প্রায়-অভিন্ন প্রোটিনের সংকেত দেওয়া দুটি জিন DNA-র স্তরে কেবল 70% অভিন্ন হতে পারে।

তা বের করুন

1. জোড়া ধরে প্রোটিন সারিবদ্ধ করুন কিংবা জোড়া ধরে DNA সারিবদ্ধ করুন দিয়ে ধারাগুলো সারিবদ্ধ করুন, কিংবা আপনার আগেই থাকা একটি সারিবদ্ধকরণ সেঁটে দিন।
2. সারিবদ্ধ ধারাগুলো অভিন্নতা আর সাদৃশ্য-তে সেঁটে দিন। তা অভিন্ন আর সদৃশ স্তম্ভ গোনে আর সারিবদ্ধকরণের দৈর্ঘ্যসহ দুটি শতকরাই জানায়।