একটি কোডন ব্যবহারের ছক কীভাবে পড়বেন

সমার্থী কোডন সমানভাবে ব্যবহার হয় না

কুড়িটি অ্যামিনো অ্যাসিডের আঠারোটির সংকেত দেয় একটির বেশি কোডন, আর প্রতিটি জীবই তার সমার্থী কোডনগুলো নিজের অনুপাতে ব্যবহার করে। লিউসিনের ছয়টি কোডন আছে; মানুষের জিনে CTG লিউসিনের প্রায় 40%-র সংকেত দেয়, আর E. coli-তেও CTG চলতি কিন্তু CTA বিরল। এই পছন্দটিই কোডনের ঝোঁক, আর একটি কোডন ব্যবহারের ছক তা মাপে।

স্তম্ভগুলো

একটি ছক প্রতিটি কোডন, তা যে অ্যামিনো অ্যাসিডের সংকেত দেয় আর দুটি সংখ্যা সাজিয়ে দেয়:

• প্রতি হাজারে ঘনত্ব: গোনা ধারাগুলোর প্রতি 1,000 কোডনে কোডনটি কতবার দেখা দেয়। 64টি মান যোগ করে 1,000 হয়।
• ভাগ: ওই অ্যামিনো অ্যাসিডের যে অংশের সংকেত এই কোডনটি দেয়। একটি অ্যামিনো অ্যাসিডের ভাগগুলো যোগ করে 1 হয়। 0.05-র একটি ভাগ একটি বিরল কোডন বোঝায়।

কিছু ছক কাঁচা গোনাও দেয়। একটি প্রজাতির ছক তার হাজার হাজার জিন থেকে গড়া হয়; একটি জিন কিংবা একটি প্লাজমিডের ছক কেবল ওই ধারাটিই বর্ণনা করে।

তাতে এসে যায় কেন

বিরল কোডন বিরল tRNA-র সঙ্গে মেলে। পোষকে বিরল এমন কোডনে ভরা একটি জিন ধীরে অনুবাদ হয়, রাইবোজোম আটকে যায় আর ফলন নেমে যায়; বিরল আর্জিনিন কোডনের টান (E. coli-তে AGG, AGA, CGA) খারাপ প্রকাশের একটি ক্লাসিক কারণ। কোডন মানিয়ে নেওয়ার সূচক, CAI, 0 থেকে 1-এ সারসংক্ষেপ দেয় একটি জিনের কোডন পোষকের পছন্দের কোডনের সঙ্গে কতটা ভালো মেলে; প্রায় 0.8-র ওপরের জিন সাধারণত ভালোভাবে প্রকাশ পায়।

কোডন অনুকূলন

একটি নতুন পোষকের জন্য একটি জিন অনুকূল করা মানে প্রোটিনটি একই রেখে বিরল কোডনগুলোকে পোষকের পছন্দের কোডনে বদলে দেওয়া। ভালো অনুকূলন খুব উঁচু GC-র পরিমাণ, লম্বা পুনরাবৃত্তি, অচাওয়া রেস্ট্রিকশনের জায়গা আর জিনের শুরুতে জোরালো RNA-র গৌণ গড়নও এড়িয়ে চলে। প্রতিটি কোডনকে একটিমাত্র সবচেয়ে ঘন কোডনে বদলে অতি-অনুকূল করলে ভাঁজ হওয়ার ক্ষতি হতে পারে, তাই অনেক সরঞ্জাম বদলে পোষকের ছড়ানোটিই মিলিয়ে নেয়।

সরঞ্জাম

কোডনের ব্যবহার আপনার সেঁটে দেওয়া যেকোনো সংকেতী ধারা থেকে একটি ছক গড়ে তোলে। কোডন অনুকূলন একটি বেছে নেওয়া পোষকের জন্য একটি ধারা আবার লিখে দেয়, আর উল্টো অনুবাদ সবচেয়ে ঘন কোডন ব্যবহার করে একটি প্রোটিনকে আবার DNA-তে বদলে দেয়।