মাথার অংশ
- LOCUS: নাম, বেস জোড়ায় দৈর্ঘ্য, অণুর ধরন (DNA, mRNA), তা সরলরেখা না বৃত্তাকার, আর একটি তারিখ।
- DEFINITION: এক লাইনের একটি বিবরণ।
- ACCESSION আর VERSION: নথিটির ID, যেমন NM_000546.6। ধারাটি বদলালে ফুটকির পরের সংখ্যাটি বদলায়।
- SOURCE আর ORGANISM: ধারাটি কোথা থেকে আসে।
- REFERENCE: যে প্রবন্ধগুলো তা বর্ণনা করে।
FEATURES
প্রতিটি বৈশিষ্ট্যের একটি ধরন (gene, CDS, promoter, misc_feature) আর একটি অবস্থান থাকে, আর তার পরে /gene="TP53", /product= কিংবা /translation=-র মতো বিশেষক, যা একটি CDS-র প্রোটিনের ধারা ধরে রাখে।
100..500: ওপরের সূত্রকে 100 থেকে 500 বেস।complement(100..500): একই বেসগুলো, উল্টো সূত্রকে পড়া।join(100..200,300..450): একসঙ্গে জোড়া টুকরো, যেমন একটি জিনের এক্সন।<1..300কিংবা200..>900: বৈশিষ্ট্যটি ধারার শেষ পেরিয়েও চলতে থাকে।
ORIGIN
ধারাটি নিজেই, ছোট হাতের অক্ষরে দশের থাকে, প্রতিটি লাইনের শুরুতে অবস্থানসহ, আর শেষে //।
তা নিয়ে কাজ করা
GenBank থেকে FASTA রূপান্তরকারী সংখ্যা আর ফাঁক ছেঁটে দিয়ে বেশির ভাগ সরঞ্জাম যে সাদামাটা ধারাটি আশা করে তা দেয়। বৈশিষ্ট্যগুলো একটি ম্যাপ হিসেবে আঁকা দেখতে ফাইলটি প্লাজমিড ম্যাপ দর্শক-এ খুলুন। পূরক সূত্রকের একটি বৈশিষ্ট্য 5' থেকে 3' পড়লে তা তার পরিসরের উল্টো পূরক।
একটি বৈশিষ্ট্য পড়া
CDS join(101..250,401..559)
/gene="abcA"
/codon_start=1
/transl_table=11
/product="ABC transporter"- সংকেতী ধারাটি দুটি টুকরোয়: 101 থেকে 250 বেস (150 বেস) আর 401 থেকে 559 (159 বেস), সবমিলিয়ে 309 বেস।
- 309 ÷ 3 = 103 কোডন, যার শেষটি থামার কোডন, তাই প্রোটিনটি 102 অ্যামিনো অ্যাসিড লম্বা।
/codon_start=1বলে অনুবাদ শুরু হয় প্রথম বেসে। 2 কিংবা 3 মান ব্যবহার হয় সেই আংশিক ধারায়, যা একটি কোডনের মাঝপথে শুরু হয়।/transl_table=11হলো ব্যাকটেরিয়ার জিনগত সংকেত। কিছু না থাকলে 1 সংকেতটি, অর্থাৎ চলতি সংকেতটিই ধরে নেওয়া হয়।
চেনা সমস্যা
- অবস্থান একটি করে সরে আছে। GenBank গোনে 1 থেকে আর দুটি প্রান্তই ধরে, তাই 101..250 মানে 150 বেস। BED ফাইল আর অনেক প্রোগ্রামিং ভাষা গোনে 0 থেকে, যা প্রতিটি শুরুই একটি করে সরিয়ে দেয়।
- প্রোটিনটি আপনার আশা করার চেয়ে এক অক্ষর ছোট।
/translationবিশেষকে কখনোই থামার কোডনটি ধরা থাকে না। - অন্য সূত্রক লেখার দুটি পথ।
complement(join(1..100,201..300))মানে জোড়া টুকরোগুলো উল্টো সূত্রকে পড়া, শেষ টুকরোটি আগে।