একটি সারিবদ্ধকরণ যা করে
একটি সারিবদ্ধকরণ দুটি ধারাকে এমনভাবে পাশাপাশি বসায় যাতে মিলে যাওয়া জায়গাগুলো একই স্তম্ভে পড়ে। একটি ধারায় বাড়তি বেস বা অবশেষ থাকলে অন্যটিতে ফাঁক (-) বসানো হয়। ফলটি দেখায় দুটি কোথায় মেলে, কোথায় আলাদা আর কোথায় কিছু ঢুকেছে বা বাদ পড়েছে।
দুটি ধারা সারিবদ্ধ করুন
- জোড়া ধরে DNA সারিবদ্ধ করুন কিংবা জোড়া ধরে প্রোটিন সারিবদ্ধ করুন খুলুন।
- দুটি ধারা সেঁটে দিন।
- সারিবদ্ধকরণটি পড়ুন, নিচে অভিন্নতা, ফাঁকের সংখ্যা আর নম্বর সহ।
দুটি সরঞ্জামই ধারাগুলোকে এক প্রান্ত থেকে অন্য প্রান্ত পর্যন্ত সারিবদ্ধ করে, অর্থাৎ একটি সামগ্রিক সারিবদ্ধকরণ। একই জিন বা প্রোটিনের দুটি রূপের জন্য তা মানানসই। একটি লম্বা ধারার ভেতরে একটি ছোট টুকরো খুঁজতে একটি ছক-খোঁজই ভালো সরঞ্জাম।
ফাঁক আর নম্বর
প্রতিটি মিল নম্বরে যোগ করে আর প্রতিটি অমিল ও ফাঁক তা থেকে কাটে। একটি ফাঁক খোলার খরচ একটি চালু ফাঁককে লম্বা করার চেয়ে বেশি, যাকে বলে অ্যাফাইন ফাঁকের দণ্ড। তা জীববিজ্ঞানেরই প্রতিচ্ছবি: ছয় বেসের একটি ঢোকা এক বেসের ছয়টি আলাদা ঢোকার চেয়ে বেশি সম্ভব। প্রোটিনের সারিবদ্ধকরণ অমিলের নম্বর দেয় BLOSUM62 ছক দিয়ে, যা একই ধরনের অ্যামিনো অ্যাসিডের, যেমন লিউসিন আর আইসোলিউসিনের, বদলকে প্রায় মিল হিসেবেই ধরে।
অভিন্নতা বনাম সাদৃশ্য
অভিন্নতা হলো সারিবদ্ধ জায়গাগুলোর যে শতকরা অংশ ঠিক একই। প্রোটিনের ক্ষেত্রে সাদৃশ্য রাসায়নিকভাবে একই ধরনের অ্যামিনো অ্যাসিডওয়ালা জায়গাগুলোও গোনে। দুটি প্রোটিন 40% অভিন্ন আর 60% সদৃশ হতে পারে। আগেই সারিবদ্ধ করা কয়েকটি ধারার জন্য অভিন্নতা আর সাদৃশ্য প্রতিটি জোড়ার হিসাব দেয়।
একটি ছোট উদাহরণ
ACGTTGCA
ACG-TGCAদ্বিতীয় ধারাটিতে একটি T নেই। আটটি স্তম্ভের সাতটিই মেলে, আর ফাঁকটি দেখায় কোথায় একটিতে একটি বেস ঢুকেছে কিংবা অন্যটিতে বাদ পড়েছে।
অভিন্নতা আপনি কী দিয়ে ভাগ করছেন তার ওপরে নির্ভর করে
সাতটি মিল জানানো যায় সারিবদ্ধকরণের প্রতিটি স্তম্ভ গুনে 7 ÷ 8 = 87.5% হিসেবে, কিংবা কেবল ছোট ধারাটি গুনে 7 ÷ 7 = 100% হিসেবে। আলাদা প্রোগ্রাম আলাদাভাবে বেছে নেয়, তাই সংখ্যা মিলিয়ে দেখার সময় আপনি কোনটি ব্যবহার করেছেন তা বলে দিন।
চেনা সমস্যা
- একটি ছোট ধারা ফাঁক দিয়ে টেনে দেওয়া হচ্ছে। একটি সামগ্রিক সারিবদ্ধকরণ দুটি ধারাকেই প্রান্ত থেকে প্রান্ত পর্যন্ত সারিবদ্ধ হতে বাধ্য করে। একটি লম্বা ধারার ভেতরে একটি টুকরোর জন্য একটি স্থানীয় সারিবদ্ধকরণ কিংবা একটি খোঁজ নিন।
- একটি সিকোয়েন্সিং পাঠ প্রায় সারিবদ্ধই হয় না। তা অন্য সূত্রক থেকে আসতে পারে। তার উল্টো পূরক নিয়ে আবার সারিবদ্ধ করুন।
- দূরের জিন DNA হিসেবে খারাপভাবে সারিবদ্ধ হয়। প্রোটিন DNA-র চেয়ে ধীরে বদলায়, কারণ অনেক বেসের বদলই নীরব। দুটিই অনুবাদ করে প্রোটিনগুলো সারিবদ্ধ করুন।