একটি ORF কী
একটি খোলা পাঠের ফ্রেম হলো কোডনের একটি টান, যা একটি শুরুর কোডন দিয়ে শুরু হয় আর একই ফ্রেমে প্রথম থামার কোডনে (TAA, TAG কিংবা TGA) শেষ হয়। তা একটি ধারার সেই অংশ, যা প্রোটিনে অনুবাদ হতে পারত। একটি আসল জিন একটি ORF, কিন্তু প্রতিটি ORF-ই একটি জিন নয়: ছোটগুলো আকস্মিকভাবেই সব জায়গায় দেখা দেয়।
ছয়টি পাঠের ফ্রেম
একটি ধারা সামনের সূত্রকে তিনটি ফ্রেমে পড়া যায়, 1, 2 কিংবা 3 বেস থেকে শুরু করে, আর উল্টো পূরকে আরও তিনটিতে। উল্টো সূত্রকের একটি জিন সামনের ফ্রেমগুলোতে অদেখাই থাকে, তাই মুখটি জানা না থাকলে একটি খোঁজে ছয়টিই ঢাকা পড়া উচিত।
সেটিংস বাছা
- শুরুর কোডন: ইউক্যারিওট আর বেশির ভাগ খোঁজে ATG। ব্যাকটেরিয়া দশটির একটির বেশি জিন GTG দিয়েও শুরু করে আর কয়েকটি TTG দিয়ে, তাই ব্যাকটেরিয়ার DNA-তে সেগুলোও ধরুন। “যেকোনো কোডন” থামা-থেকে-থামা ফ্রেম খুঁজে দেয়, যা শুরু নেই এমন আংশিক ধারায় কাজে লাগে।
- সবচেয়ে কম দৈর্ঘ্য: এলোমেলো DNA-তে থামার কোডন আকস্মিকভাবে প্রায় প্রতি 21 কোডনেই দেখা দেয়, তাই 100-কোডনের একটি কাটছাঁট বেশির ভাগ গোলমাল সরিয়ে দেয়। ছোট পেপটাইড কিংবা ভাইরাসের জিনে তা নামিয়ে দিন; জিনোম-মাপের খোঁজে বাড়িয়ে দিন।
- জিনগত সংকেত: মাইটোকনড্রিয়া আর কিছু ব্যাকটেরিয়ার ধারা আলাদা থামার আর শুরুর কোডন ব্যবহার করে, তাই ঠিক ছকটিই বেছে নিন।
আসলটি বাছা
সবচেয়ে লম্বা ORF-টিই সাধারণত জিন, তবে তা দেখে নিন: একটি আসল সংকেতী ধারার কোডন ব্যবহার জীবটির সঙ্গে মেলে, তাতে একটি সম্ভাব্য প্রোটিন থাকে যাতে একটি অ্যামিনো অ্যাসিডের লম্বা টান নেই, আর ইউক্যারিওটের mRNA-তে শুরুর চারপাশে একটি কোজাক পরিবেশ (GCCACCATGG) থাকে। জিনোমের DNA-তে ইন্ট্রন জিনকে টুকরো করে দেয়, তাই ORF খোঁজা cDNA আর ব্যাকটেরিয়ার জিনোমে কাজ করে, স্প্লাইস হওয়া জিনে নয়।
খুঁজে অনুবাদ করুন
- ধারাটি ORF খুঁজুন-এ সেঁটে দিয়ে ফ্রেম, শুরুর কোডন আর সবচেয়ে কম দৈর্ঘ্য বেছে নিন।
- প্রতিটি ORF তার ফ্রেম, শুরু, শেষ, দৈর্ঘ্য আর প্রোটিনের ধারাসহ সাজিয়ে দেওয়া হয়।
- একটি বেছে নেওয়া অংশ DNA থেকে প্রোটিনে অনুবাদ দিয়ে অনুবাদ করুন, কিংবা অনুবাদের ম্যাপ-এ একবারেই ছয়টি ফ্রেম দেখে নিন।