Comment trouver les cadres ouverts de lecture (ORF)

Ce qu'est un ORF

Un cadre ouvert de lecture est une suite de codons qui commence par un codon d'initiation et se termine au premier codon stop (TAA, TAG ou TGA) du même cadre. C'est la partie d'une séquence qui pourrait être traduite en protéine. Un vrai gène est un ORF, mais tout ORF n'est pas un gène : les courts apparaissent partout par hasard.

Six cadres de lecture

Une séquence peut se lire dans trois cadres sur le brin direct, en commençant à la base 1, 2 ou 3, et dans trois autres sur le complément inverse. Un gène sur le brin inverse est invisible dans les cadres directs ; la recherche doit donc couvrir les six, sauf si vous connaissez l'orientation.

Choisir les réglages

• Codons d'initiation : ATG pour les eucaryotes et la plupart des recherches. Les bactéries démarrent plus d'un gène sur dix par GTG et quelques-uns par TTG ; incluez-les pour de l'ADN bactérien. « N'importe quel codon » trouve les cadres de stop à stop, utile pour des séquences partielles sans début.
• Longueur minimale : dans de l'ADN aléatoire, un codon stop apparaît par hasard environ tous les 21 codons ; un seuil de 100 codons élimine donc l'essentiel du bruit. Abaissez-le pour des peptides courts ou des gènes viraux ; relevez-le pour des balayages à l'échelle du génome.
• Code génétique : les séquences mitochondriales et certaines séquences bactériennes utilisent d'autres codons stop et d'initiation ; choisissez la bonne table.

Repérer le vrai

L'ORF le plus long est généralement le gène, mais vérifiez : une vraie séquence codante a un usage des codons conforme à l'organisme, une protéine plausible sans longues suites d'un même acide aminé et, pour un ARNm eucaryote, un contexte Kozak (GCCACCATGG) autour du départ. Dans l'ADN génomique, les introns découpent les gènes en morceaux ; la recherche d'ORF fonctionne donc sur l'ADNc et les génomes bactériens, pas sur les gènes épissés.

Trouver et traduire

1. Collez la séquence dans Recherche d’ORF, choisissez les cadres, les codons d'initiation et la longueur minimale.
2. Chaque ORF est listé avec son cadre, son début, sa fin, sa longueur et sa séquence protéique.
3. Traduisez la région choisie avec Traduire l’ADN en protéine, ou voyez les six cadres d'un coup dans la Carte de traduction.