ORF क्या है
ओपन रीडिंग फ़्रेम कोडॉनों की वह कतार है जो स्टार्ट कोडॉन से शुरू होकर उसी फ़्रेम के पहले स्टॉप कोडॉन (TAA, TAG या TGA) पर खत्म होती है। यह अनुक्रम का वह हिस्सा है जो प्रोटीन में ट्रांसलेट हो सकता है। असली जीन एक ORF है, पर हर ORF जीन नहीं: छोटे ORF हर जगह संयोग से बन जाते हैं।
छह रीडिंग फ़्रेम
अनुक्रम को फ़ॉरवर्ड स्ट्रैंड पर तीन फ़्रेम में पढ़ा जा सकता है, बेस 1, 2 या 3 से शुरू करके, और रिवर्स कॉम्प्लिमेंट पर तीन और। रिवर्स स्ट्रैंड का जीन फ़ॉरवर्ड फ़्रेमों में अदृश्य रहता है, इसलिए दिशा पता न हो तो खोज सभी छह में करें।
सेटिंग चुनना
- स्टार्ट कोडॉन: यूकैरियोट और ज़्यादातर खोजों के लिए ATG। बैक्टीरिया दस में से एक से ज़्यादा जीन GTG से और कुछ TTG से शुरू करते हैं, इसलिए बैक्टीरियल DNA में इन्हें शामिल करें। "कोई भी कोडॉन" स्टॉप-से-स्टॉप फ़्रेम खोजता है, जो बिना स्टार्ट वाले आंशिक अनुक्रमों में उपयोगी है।
- न्यूनतम लंबाई: यादृच्छिक DNA में लगभग हर 21 कोडॉन पर संयोग से एक स्टॉप कोडॉन आता है, इसलिए 100 कोडॉन की सीमा ज़्यादातर शोर हटा देती है। छोटे पेप्टाइड या वायरल जीन के लिए इसे घटाएँ; जीनोम-स्तर स्कैन के लिए बढ़ाएँ।
- आनुवंशिक कोड: माइटोकॉन्ड्रियल और कुछ बैक्टीरियल अनुक्रम अलग स्टॉप और स्टार्ट कोडॉन इस्तेमाल करते हैं, इसलिए सही तालिका चुनें।
असली ORF चुनना
सबसे लंबा ORF आमतौर पर जीन होता है, पर जाँचें: असली कोडिंग अनुक्रम का कोडॉन उपयोग जीव से मेल खाता है, प्रोटीन संभव लगता है जिसमें एक ही अमीनो अम्ल की लंबी कतारें नहीं होतीं, और यूकैरियोटिक mRNA में स्टार्ट के आसपास कोज़ाक संदर्भ (GCCACCATGG) होता है। जीनोमिक DNA में इंट्रॉन जीन को टुकड़ों में बाँट देते हैं, इसलिए ORF खोज cDNA और बैक्टीरियल जीनोम पर काम करती है, स्प्लाइस होने वाले जीनों पर नहीं।
खोजें और ट्रांसलेट करें
- अनुक्रम ORF खोजक में चिपकाएँ, फ़्रेम, स्टार्ट कोडॉन और न्यूनतम लंबाई चुनें।
- हर ORF अपने फ़्रेम, शुरुआत, अंत, लंबाई और प्रोटीन अनुक्रम के साथ सूचीबद्ध होता है।
- चुने क्षेत्र को DNA को प्रोटीन में ट्रांसलेट करें से ट्रांसलेट करें, या ट्रांसलेशन मैप में सभी छह फ़्रेम एक साथ देखें।