कोडॉन उपयोग तालिका कैसे पढ़ें

पर्यायवाची कोडॉन बराबर इस्तेमाल नहीं होते

बीस में से अठारह अमीनो अम्ल एक से ज़्यादा कोडॉन से कोड होते हैं, और हर जीव अपने पर्यायवाची कोडॉन अपने अनुपात में इस्तेमाल करता है। ल्यूसीन के छह कोडॉन हैं; मानव जीनों में CTG लगभग 40% ल्यूसीन कोड करता है, जबकि E. coli में CTG आम है पर CTA दुर्लभ। यही पसंद कोडॉन पूर्वाग्रह है, और कोडॉन उपयोग तालिका इसे मापती है।

स्तंभ

तालिका हर कोडॉन को उसके अमीनो अम्ल और दो अंकों के साथ सूचीबद्ध करती है:

• प्रति हज़ार आवृत्ति: गिने गए अनुक्रमों के हर 1,000 कोडॉन में वह कोडॉन कितनी बार आता है। 64 मानों का योग 1,000 होता है।
• अंश: उस अमीनो अम्ल का कितना हिस्सा इस कोडॉन से कोड होता है। एक अमीनो अम्ल के अंशों का योग 1 होता है। 0.05 का अंश दुर्लभ कोडॉन दर्शाता है।

कुछ तालिकाएँ कच्ची गिनती भी देती हैं। किसी प्रजाति की तालिका उसके हज़ारों जीनों से बनती है; एक जीन या एक प्लाज़्मिड की तालिका सिर्फ़ उसी अनुक्रम का वर्णन करती है।

यह क्यों मायने रखता है

दुर्लभ कोडॉन दुर्लभ tRNA से मेल खाते हैं। मेज़बान में दुर्लभ कोडॉनों से भरा जीन धीरे ट्रांसलेट होता है, राइबोसोम अटकते हैं, और उपज गिरती है; दुर्लभ आर्जिनिन कोडॉनों की कतार (E. coli में AGG, AGA, CGA) खराब अभिव्यक्ति का क्लासिक कारण है। कोडॉन अनुकूलन सूचकांक, CAI, 0 से 1 के बीच बताता है कि जीन के कोडॉन मेज़बान के पसंदीदा कोडॉनों से कितने मेल खाते हैं; लगभग 0.8 से ऊपर के जीन आमतौर पर अच्छे से अभिव्यक्त होते हैं।

कोडॉन अनुकूलन

नए मेज़बान के लिए जीन का अनुकूलन यानी प्रोटीन बदले बिना दुर्लभ कोडॉनों को मेज़बान के पसंदीदा कोडॉनों से बदलना। अच्छा अनुकूलन बहुत ऊँचे GC, लंबी पुनरावृत्तियों, अवांछित रेस्ट्रिक्शन साइटों और जीन की शुरुआत में मज़बूत RNA द्वितीयक संरचना से भी बचता है। हर कोडॉन को सबसे आम कोडॉन में बदल देना फ़ोल्डिंग बिगाड़ सकता है, इसलिए कई टूल मेज़बान के वितरण की नकल करते हैं।

टूल

कोडॉन उपयोग आपके चिपकाए किसी भी कोडिंग अनुक्रम से तालिका बनाता है। कोडॉन अनुकूलन चुने मेज़बान के लिए अनुक्रम फिर से लिखता है, और रिवर्स ट्रांसलेट सबसे आम कोडॉनों से प्रोटीन को वापस DNA में बदलता है।