Kodon sinonim tidak dipakai sama rata
Delapan belas dari dua puluh asam amino dikodekan oleh lebih dari satu kodon, dan setiap organisme memakai kodon sinonimnya dalam proporsinya sendiri. Leusin punya enam kodon; pada gen manusia CTG mengodekan sekitar 40% leusin, sedangkan pada E. coli CTG juga umum tetapi CTA jarang. Kecenderungan ini adalah bias kodon, dan tabel penggunaan kodon mengukurnya.
Kolom-kolomnya
Tabel mencantumkan setiap kodon dengan asam amino yang dikodekannya dan dua angka:
- Frekuensi per seribu: berapa kali kodon itu muncul di setiap 1.000 kodon dari sekuens yang dihitung. Ke-64 nilainya berjumlah 1.000.
- Fraksi: bagian asam amino tersebut yang dikodekan oleh kodon ini. Fraksi untuk satu asam amino berjumlah 1. Fraksi 0,05 menandai kodon langka.
Beberapa tabel juga memberikan hitungan mentah. Tabel untuk satu spesies dibangun dari ribuan gennya; tabel dari satu gen atau satu plasmid hanya menggambarkan sekuens itu.
Mengapa penting
Kodon langka berpasangan dengan tRNA langka. Gen yang penuh kodon yang langka di inang ditranslasi lambat, ribosom tersendat, dan hasil turun; deretan kodon arginin langka (AGG, AGA, CGA di E. coli) adalah penyebab klasik ekspresi yang buruk. Indeks adaptasi kodon, CAI, merangkum dari 0 sampai 1 seberapa cocok kodon suatu gen dengan kodon pilihan inang; gen di atas sekitar 0,8 biasanya terekspresi dengan baik.
Optimasi kodon
Mengoptimalkan gen untuk inang baru berarti mengganti kodon langka dengan yang disukai inang tanpa mengubah proteinnya. Optimasi yang baik juga menghindari kandungan GC yang sangat tinggi, pengulangan panjang, situs restriksi yang tidak diinginkan, dan struktur sekunder RNA yang kuat di awal gen. Mengoptimalkan berlebihan dengan mengganti setiap kodon ke satu kodon tersering bisa mengganggu pelipatan, jadi banyak alat meniru distribusi inang saja.
Alat
Penggunaan Kodon membangun tabel dari sekuens pengode apa pun yang Anda tempel. Optimasi Kodon menulis ulang sekuens untuk inang pilihan, dan Translasi Balik mengubah protein kembali menjadi DNA dengan kodon tersering.