Apa yang dilakukan penyejajaran
Penyejajaran (alignment) menata dua sekuens sehingga posisi yang cocok berada di kolom yang sama. Bila satu sekuens punya basa atau residu tambahan, celah (-) disisipkan pada sekuens lainnya. Hasilnya memperlihatkan di mana keduanya sama, di mana berbeda, dan di mana ada sisipan atau delesi.
Menyejajarkan dua sekuens
- Buka Sejajarkan Dua Sekuens, lalu pilih DNA atau protein.
- Tempel kedua sekuens.
- Baca hasil penyejajaran beserta identitas, jumlah celah, dan skor di bawahnya.
Kedua alat menyejajarkan sekuens dari ujung ke ujung, yaitu penyejajaran global. Cara ini cocok untuk dua versi gen atau protein yang sama. Untuk menemukan potongan pendek di dalam sekuens panjang, pencarian pola lebih tepat.
Celah dan skor
Setiap kecocokan menambah skor, sedangkan setiap ketidakcocokan dan celah menguranginya. Membuka celah lebih mahal daripada memperpanjang celah yang sudah ada, yang disebut penalti celah afin. Ini sesuai biologi: satu sisipan enam basa lebih mungkin terjadi daripada enam sisipan terpisah masing-masing satu basa. Penyejajaran protein menilai ketidakcocokan dengan matriks BLOSUM62, yang memperlakukan pertukaran antar asam amino yang mirip, seperti leusin dan isoleusin, hampir seperti kecocokan.
Identitas dan kemiripan
Identitas adalah persentase posisi sejajar yang persis sama. Kemiripan, pada protein, juga menghitung posisi dengan asam amino yang mirip secara kimia. Dua protein bisa 40% identik dan 60% mirip. Untuk beberapa sekuens yang sudah disejajarkan, Identitas dan Kemiripan memberikan angkanya untuk setiap pasangan.
Contoh kecil
ACGTTGCA
ACG-TGCAUrutan kedua kehilangan satu T. Tujuh dari delapan kolom cocok, dan celahnya menunjukkan tempat satu basa disisipkan di satu urutan atau dihapus di urutan lain.
Identitas bergantung pada pembaginya
Tujuh kecocokan bisa dilaporkan sebagai 7 ÷ 8 = 87,5%, dihitung dari semua kolom penjajaran, atau 7 ÷ 7 = 100%, dihitung dari urutan yang lebih pendek saja. Program yang berbeda memilih cara berbeda, jadi sebutkan cara yang dipakai saat membandingkan angka.
Masalah umum
- Urutan pendek diregangkan dengan celah. Penjajaran global memaksa kedua urutan sejajar dari ujung ke ujung. Untuk fragmen di dalam urutan yang lebih panjang, pakai penjajaran lokal atau pencarian.
- Hasil baca sekuensing nyaris tidak sejajar. Mungkin berasal dari untai lainnya. Buat komplemen baliknya lalu jajarkan lagi.
- Gen yang berkerabat jauh sulit dijajarkan sebagai DNA. Protein berubah lebih lambat daripada DNA, karena banyak perubahan basa bersifat diam. Terjemahkan keduanya dan jajarkan proteinnya.