Cara Menemukan Situs Restriksi pada Sekuens DNA

Cara enzim restriksi memotong

Setiap enzim mengenali sekuens pendek, sering berupa palindrom 4 sampai 8 basa, lalu memotong di dalam atau di sebelahnya. EcoRI mengenali GAATTC dan memotong di antara G dan A pada kedua untai, meninggalkan ujung AATT empat basa yang menjorok, disebut ujung lengket. EcoRV memotong GATATC tepat di tengah dan meninggalkan ujung tumpul.

Mengetahui enzim mana yang memotong

1. Tempel sekuens ke Ringkasan Restriksi.
2. Pilih linear atau sirkular. Plasmid itu sirkular.
3. Baca daftar enzim, jumlah potongan, posisinya, dan ukuran fragmennya.

Enzim yang memotong sekali saja cocok untuk membuka plasmid. Pada molekul sirkular, n potongan menghasilkan n fragmen; pada molekul linear, n + 1.

Melihat situs pada sekuens

Peta Restriksi mencetak sekuens dengan setiap situs potong ditandai di atasnya, sehingga mudah memastikan suatu situs ada di tempat yang Anda kira, atau menemukan dua enzim di kedua sisi sebuah gen.

Menambahkan situs tanpa mengubah protein

Bila tidak ada situs yang pas, satu atau dua mutasi senyap kadang bisa menciptakannya tanpa mengubah protein. Mutasi untuk Digesti mendaftar tempat-tempat itu pada sekuens pengode, siap untuk mutagenesis terarah atau dimasukkan ke dalam primer.