Simulator Elektroforesis Gel
Persamaan dalam simulasi ini
| V | Tegangan V (volt) | DNA bermuatan negatif, jadi bergerak dari elektroda hitam (−) ke elektroda merah (+) | |
|---|---|---|---|
| d | jarak antara elektroda | 15 cm di tangki ini; yang menentukan adalah medan E, jadi tangki yang lebih panjang butuh lebih banyak volt | |
| E | medan listrik | sekitar 5 sampai 8 V/cm untuk elektroforesis biasa | |
| v | kecepatan sebuah pita | dalam cm per jam |
Dengan nilai saat ini:
| μ₀ | mobilitas DNA dalam larutan bebas | 3 × 10⁻⁴ cm²/(V·s), sama untuk setiap panjang karena muatan dan gesekan sama-sama bertambah dengan panjang | |
|---|---|---|---|
| L | panjang fragmen (bp) | gel adalah saringan: fragmen panjang lebih tertahan | |
| T | Agarosa T (% b/v) | gel yang lebih pekat memiliki pori lebih kecil, memisahkan fragmen kecil lebih baik dan yang besar lebih buruk | |
| L* | panjang saat gel memperlambat hingga setengah kecepatan | hasil penyesuaian empiris; di atas sekitar 20 kb pada gel 1% setiap fragmen bergerak dengan kecepatan batas yang sama dan menumpuk dalam satu pita |
Dengan nilai saat ini:
| a, b | kurva standar | garis lurus yang disesuaikan dengan pita penanda; membaca pita yang tak diketahui darinya memberikan ukurannya | |
|---|---|---|---|
| R² | seberapa cocok garisnya | turun ketika pita penanda di dekat atas atau bawah keluar dari rentang yang dipisahkan gel dengan baik |
Dengan nilai saat ini:
| σ | lebar pita | pita bermula selebar sumur dan melebar karena difusi; elektroforesis yang lama dan lambat menghasilkan pita lebih kabur, dan pemanasan Joule di atas sekitar 10 V/cm membuatnya makin melebar |
|---|
Dengan nilai saat ini:
| R | hambatan bufer | sekitar 1,6 kΩ untuk gel mini dalam TAE 1× | |
|---|---|---|---|
| P | daya pemanasan | memanaskan gel dan bufer: terlalu besar dan gel tersenyum (lajur tengah mendahului) atau meleleh |
Dengan nilai saat ini:
Cara memakai simulator elektroforesis gel
- Lajur 1 berisi penanda dengan ukuran yang diketahui, lajur 2 plasmid yang belum dipotong, lajur 3 plasmid yang dipotong sekali, lajur 4 plasmid yang dipotong dengan dua enzim, lajur 5 produk PCR, dan lajur 6 ukuran apa pun yang kamu ketik. Gel langsung berjalan: DNA bergerak dari elektroda hitam ke elektroda merah, dengan pewarna pemuat biru di depan.
- Perhatikan lama elektroforesis dan garis depan pewarna, lalu hentikan ketika biru bromofenol sudah menempuh sekitar tiga perempat jalan, sebelum fragmen kecil keluar dari ujung gel. Ubah persentase agarosa untuk melihat gel pekat memisahkan fragmen kecil dan gel encer memisahkan fragmen besar; naikkan tegangan agar lebih cepat, dan di atas sekitar 10 V/cm lihat pita melebar dan tersenyum saat gel memanas.
- Baca ukuran pita di bawah gambar: simulasi menyesuaikan garis lurus log ukuran terhadap jarak pada pita penanda dan membaca setiap pita lain darinya, dengan tanda tanya bila pita berada di luar rentang penanda. Grafik menampilkan kurva standar itu. Untuk membuat gel, pakai Kalkulator Gel Agarosa; untuk menaksir pita dari gel sungguhan, Penaksir Ukuran Pita Gel.
Pertanyaan umum
Mengapa DNA bergerak melalui gel?
Tulang punggung fosfatnya membawa satu muatan negatif per basa, jadi dalam medan listrik DNA bergerak ke elektroda positif. Dalam larutan bebas, muatan dan hambatan sama-sama bertambah dengan panjang, sehingga semua fragmen akan bergerak sama cepat; yang memisahkannya adalah jaring agarosa, yang menahan molekul panjang lebih kuat daripada yang pendek.
Mengapa plasmid yang belum dipotong memberi lebih dari satu pita?
Plasmid yang baru diambil dari sel sebagian besar berbentuk superkoil, terpilin rapat pada dirinya sendiri, sehingga ringkas dan bergerak lebih cepat daripada DNA linear yang sama panjang. Plasmid yang salah satu untainya putus mengendur menjadi lingkaran terbuka yang terseret di gel dan tertinggal. Setelah dipotong sekali, plasmid menjadi satu pita linear pada panjang sebenarnya.
Persentase agarosa berapa yang sebaiknya dipakai?
Sekitar 0,7% untuk fragmen 5 sampai 20 kb, 1% untuk 0,5 sampai 10 kb, 1,5% untuk 0,2 sampai 3 kb, dan 2 sampai 3% untuk 50 bp sampai 1 kb. Di gel encer fragmen kecil bergerak bersama, dan di gel pekat fragmen besar hampir tidak masuk. Di atas sekitar 20 kb semua fragmen di gel biasa bergerak dengan kecepatan batas yang sama dan menumpuk dalam satu pita; untuk itu dipakai elektroforesis gel medan berdenyut.
Seberapa akurat membaca ukuran pita dari penanda?
Sekitar 5 sampai 10% bila pita berada di antara pita penanda di tengah gel, tempat log ukuran turun hampir lurus terhadap jarak. Akurasinya memburuk di dekat atas dan bawah gel dan di luar rentang penanda, dan plasmid superkoil atau yang satu untainya putus sama sekali tidak bisa diukur dengan penanda linear.
Katanya WebGL dimatikan.
Tampilan 3D memerlukan WebGL, yang dimiliki semua browser terkini. WebGL bisa nonaktif jika akselerasi perangkat keras dimatikan di pengaturan browser, atau karena driver grafis yang sangat lama. Nyalakan akselerasi perangkat keras, atau coba browser lain.
Apakah ada yang diunggah?
Tidak. Simulasi digambar oleh browser Anda sendiri dengan WebGL; tidak ada yang dikirim ke mana pun, dan simulasi tetap berjalan offline setelah halaman dimuat.