Penaksir Ukuran Pita Gel
Cara menaksir ukuran pita pada gel
- Ukur seberapa jauh tiap pita penanda berjalan dari sumuran, dalam milimeter pada cetakan atau piksel pada foto, lalu tulis ukuran beserta jaraknya.
- Ukur pita Anda sendiri dengan cara sama lalu tulis jaraknya.
- Ukuran setiap pita dibaca dari kurva yang dicocokkan, beserta R² pencocokannya.
Pertanyaan umum
Bagaimana pencocokannya bekerja?
DNA bergerak pada laju yang menurun mengikuti logaritma panjangnya, jadi garis lurus pada log10(ukuran) terhadap jarak sudah menggambarkan hampir seluruh gel dengan baik. Pencocokan melengkung menambahkan suku kuadrat, yang mengikuti lengkungan di ujung atas dan bawah gel.
Diukur dari mana?
Dari titik yang sama pada setiap pita, biasanya tepi depannya, dihitung dari dasar sumuran. Mencampur tepi satu pita dengan tengah pita lain adalah sumber galat terbesar.
Bisakah saya mengukur dalam piksel?
Bisa. Pencocokannya hanya perlu penanda dan pita Anda diukur dalam satuan yang sama, jadi piksel dari foto gel sama bagusnya dengan milimeter dari cetakan. Pastikan fotonya diambil tegak lurus, tidak menyudut.
Seberapa akurat?
Di dalam rentang penandanya, biasanya dalam 5% sampai 10%. Di luar rentang itu pencocokannya sedang mengekstrapolasi dan bisa jauh melenceng, dan itu sebabnya pita yang berjalan melewati pita penanda terkecil diberi tanda.
Mengapa R² saya rendah?
Entah ada jarak yang salah tulis, gelnya berjalan tidak rata atau tersenyum, atau ukuran penandanya bukan ukuran penanda yang Anda muat. Periksa ujung-ujungnya dulu; itulah yang paling kuat menarik pencocokannya.
Ukuran penanda mana yang harus saya masukkan?
Yang tertulis di tabungnya. Bawaannya adalah penanda 1 kb yang umum, tetapi penanda berbeda antarpemasok, jadi tiru ukuran dari lembar produk Anda sendiri.