Estimar el tamaño de una banda en gel
Cómo estimar el tamaño de una banda en un gel
- Mide cuánto ha corrido cada banda del marcador desde el pocillo, en milímetros sobre una impresión o en píxeles sobre una foto, y escribe los tamaños con sus distancias.
- Mide tus propias bandas igual y escribe sus distancias.
- El tamaño de cada banda se lee en la curva ajustada, con el R² del ajuste.
Preguntas frecuentes
¿Cómo funciona el ajuste?
El ADN avanza a una velocidad que baja con el logaritmo de su longitud, así que una recta sobre log10(tamaño) frente a la distancia describe bien casi todo el gel. El ajuste curvo añade un término cuadrático, que sigue las curvaturas del principio y del final del gel.
¿Desde dónde mido?
Desde el mismo punto en todas las bandas, normalmente el borde delantero, medido desde la parte baja del pocillo. Mezclar el borde de una banda con el centro de otra es la mayor fuente de error.
¿Puedo medir en píxeles?
Sí. El ajuste solo necesita que el marcador y tus bandas estén medidos en la misma unidad, así que los píxeles de una foto del gel sirven igual que los milímetros de una impresión. Asegúrate de que la foto esté tomada de frente, no en ángulo.
¿Cuánta precisión tiene?
Dentro del rango del marcador, normalmente entre el 5% y el 10%. Fuera de él el ajuste está extrapolando y puede errar mucho, y por eso se avisa cuando una banda ha corrido más allá de la banda más pequeña del marcador.
¿Por qué mi R² es bajo?
O se ha escrito mal una distancia, o el gel ha corrido torcido o ha sonreído, o los tamaños del marcador no son los del marcador que cargaste. Mira primero los extremos; son los que más tiran del ajuste.
¿Qué tamaños de marcador debo escribir?
Los que diga el tubo. Por defecto hay un marcador típico de 1 kb, pero los marcadores cambian según el proveedor, así que copia los tamaños de tu propia hoja de producto.