Calculadora de Tm de cebadores

Cómo calcular la Tm de un cebador

1. Pega el cebador directo y, si lo tienes, el inverso, escritos de 5' a 3'.
2. Ajusta las concentraciones de cebador, sodio, magnesio y dNTP de tu mezcla de PCR.
3. La Tm de cada cebador aparece con su longitud, su contenido en GC, la diferencia entre los dos y una temperatura de hibridación inicial.

Preguntas frecuentes

¿Qué método usa?

Termodinámica de vecinos más cercanos con los parámetros de SantaLucia (1998). El magnesio se cuenta como sodio adicional, Na⁺ + 120 × √(Mg²⁺ − dNTP), según von Ahsen et al. (2001).

¿Qué temperatura de hibridación uso?

Un punto de partida habitual es 5 °C por debajo de la menor de las dos Tm; una PCR en gradiente encuentra la mejor. Algunas polimerasas, como las de alta fidelidad con sus propios tampones, tienen la calculadora y las reglas del fabricante, que dan valores distintos.

¿Cuánto deben parecerse las dos Tm?

Menos de unos 5 °C de diferencia, para que ambos cebadores se unan bien a la misma temperatura de hibridación.