프라이머 Tm 계산기

프라이머 Tm을 계산하는 방법

1. 정방향 프라이머와, 있다면 역방향 프라이머를 5'→3' 방향으로 붙여 넣습니다.
2. PCR 반응액의 프라이머, 나트륨, 마그네슘, dNTP 농도를 설정합니다.
3. 각 프라이머의 Tm이 길이, GC 함량, 두 프라이머의 차이, 어닐링 온도 시작값과 함께 나옵니다.

자주 묻는 질문

어떤 방법으로 계산하나요?

SantaLucia (1998) 매개변수를 쓰는 최근접 이웃 열역학입니다. 마그네슘은 von Ahsen 등 (2001)에 따라 Na⁺ + 120 × √(Mg²⁺ − dNTP)로 나트륨에 더해 계산합니다.

어닐링 온도는 몇 도로 하나요?

두 Tm 중 낮은 값보다 5 °C 낮은 온도가 흔한 시작점이며, 그래디언트 PCR로 최적 온도를 찾습니다. 전용 버퍼를 쓰는 고정확도 효소 같은 일부 중합효소는 제조사의 Tm 계산법과 규칙이 따로 있어 값이 다릅니다.

두 Tm은 얼마나 가까워야 하나요?

약 5 °C 이내가 좋습니다. 그래야 같은 어닐링 온도에서 두 프라이머가 모두 잘 붙습니다.