प्राइमर Tm कैलकुलेटर

प्राइमर का Tm कैसे निकालें

1. फ़ॉरवर्ड प्राइमर और, अगर हो तो, रिवर्स प्राइमर 5' से 3' दिशा में चिपकाएँ।
2. अपने PCR मिश्रण की प्राइमर, सोडियम, मैग्नीशियम और dNTP सांद्रता सेट करें।
3. हर प्राइमर का Tm उसकी लंबाई, GC मात्रा, दोनों के अंतर और शुरुआती एनीलिंग तापमान के साथ दिखता है।

अक्सर पूछे जाने वाले सवाल

कौन-सी विधि इस्तेमाल होती है?

SantaLucia (1998) के मापदंडों के साथ नियरेस्ट-नेबर ऊष्मागतिकी। von Ahsen और साथी (2001) के अनुसार मैग्नीशियम को अतिरिक्त सोडियम के रूप में गिना जाता है: Na⁺ + 120 × √(Mg²⁺ − dNTP)।

कौन-सा एनीलिंग तापमान लें?

आम शुरुआत दोनों में से कम Tm से 5 °C नीचे होती है; ग्रेडिएंट PCR सबसे अच्छा तापमान ढूँढता है। कुछ पॉलीमरेज़, जैसे अपने बफ़र में हाई-फ़िडेलिटी एंज़ाइम, के लिए निर्माता का अपना Tm कैलकुलेटर और नियम होते हैं, जो अलग मान देते हैं।

दोनों Tm कितने पास होने चाहिए?

लगभग 5 °C के भीतर, ताकि दोनों प्राइमर एक ही एनीलिंग तापमान पर अच्छी तरह जुड़ें।