ゲルのバンドサイズ推定

ゲルのバンドサイズを推定する手順

1. マーカーの各バンドがウェルからどれだけ流れたかを、印刷ならミリメートル、写真なら画素で測り、長さと距離を入力します。
2. 自分のバンドも同じように測り、距離を入力します。
3. 各バンドの長さが近似曲線から読み取られ、近似の R² も表示されます。

よくある質問

近似はどういう仕組みですか?

DNA の移動速度は長さの対数とともに落ちるため、log10(長さ) と距離の直線でゲルのほとんどをよく表せます。曲線近似は2次の項を足し、ゲルの上端と下端の曲がりに沿わせます。

どこから測りますか?

どのバンドでも同じ位置、ふつうは前端から、ウェルの下端を起点に測ります。あるバンドは前端、別のバンドは中央と混ぜるのが最大の誤差要因です。

画素で測ってもよいですか?

かまいません。近似に必要なのはマーカーと自分のバンドが同じ単位で測られていることだけなので、ゲル写真の画素でも印刷のミリメートルでも同じです。写真は斜めではなく正面から撮ってください。

精度はどれくらいですか?

マーカーの範囲内ならおおむね5〜10%です。範囲の外では外挿になり大きく外れることがあるため、いちばん小さいマーカーバンドより先まで流れたバンドには注意が表示されます。

R² が低いのはなぜですか?

距離の入力間違い、ゲルが斜めに流れたりスマイルしたりした、あるいはマーカーの長さが実際に流したマーカーと違う、のいずれかです。まず両端を確認してください。近似をもっとも強く引っぱります。

どのマーカーの長さを入れればよいですか?

チューブに書かれているものです。初期値は一般的な1 kb マーカーですが、マーカーはメーカーごとに違うので、自分の製品シートから写してください。