Estimer la taille d’une bande sur gel
Comment estimer la taille d’une bande sur gel
- Mesurez la migration de chaque bande du marqueur depuis le puits, en millimètres sur un tirage ou en pixels sur une photo, et entrez les tailles avec les distances.
- Mesurez vos propres bandes de la même façon et entrez leurs distances.
- La taille de chaque bande est lue sur la courbe ajustée, avec le R² de l’ajustement.
Questions fréquentes
Comment marche l’ajustement ?
L’ADN migre à une vitesse qui décroît avec le logarithme de sa longueur : une droite sur log10(taille) en fonction de la distance décrit donc bien l’essentiel du gel. L’ajustement courbe ajoute un terme carré, qui suit les courbures du haut et du bas du gel.
À partir d’où faut-il mesurer ?
Du même point sur chaque bande, en général le bord avant, mesuré depuis le bas du puits. Mélanger le bord d’une bande et le milieu d’une autre est la première source d’erreur.
Puis-je mesurer en pixels ?
Oui. L’ajustement demande seulement que le marqueur et vos bandes soient mesurés dans la même unité : des pixels sur une photo de gel valent des millimètres sur un tirage. Veillez à ce que la photo soit prise de face et non de biais.
Quelle est la précision ?
Dans la plage du marqueur, en général de 5 à 10 %. En dehors, l’ajustement extrapole et peut se tromper beaucoup, d’où l’avertissement sur une bande qui a migré au-delà de la plus petite bande du marqueur.
Pourquoi mon R² est-il faible ?
Soit une distance a été mal saisie, soit le gel a migré de travers ou a souri, soit les tailles du marqueur ne sont pas celles du marqueur déposé. Regardez d’abord les extrêmes : ce sont eux qui tirent le plus l’ajustement.
Quelles tailles de marqueur dois-je entrer ?
Celles indiquées sur le tube. Par défaut, un marqueur 1 kb classique est proposé, mais les marqueurs diffèrent d’un fournisseur à l’autre : recopiez les tailles de votre propre fiche produit.