Calcul ΔΔCt

Comment calculer le facteur de variation avec ΔΔCt

1. Saisissez les Ct du gène cible et du gène de référence pour l’échantillon traité et le contrôle. Plusieurs réplicats séparés par des espaces sont moyennés.
2. Laissez les deux efficacités à 100 % pour la méthode 2^-ΔΔCt, ou saisissez les efficacités mesurées pour la méthode de Pfaffl.
3. Le facteur de variation de l’échantillon traité par rapport au contrôle s’affiche, avec ΔCt, ΔΔCt et son log2.

Questions fréquentes

Quelle est la formule ?

ΔCt = Ct cible − Ct référence pour chaque échantillon, ΔΔCt = ΔCt traité − ΔCt contrôle, et facteur de variation = 2^-ΔΔCt.

Quand utiliser les efficacités des amorces ?

Quand elles s’écartent de 100 % ou l’une de l’autre. Le rapport de Pfaffl vaut E cible^(Ct cible contrôle − Ct cible traité) ÷ E référence^(Ct référence contrôle − Ct référence traité), avec E = 1 + efficacité. À 100 % pour les deux, il donne le même résultat que 2^-ΔΔCt.

Que signifie un facteur inférieur à 1 ?

Le gène cible est moins exprimé dans l’échantillon traité que dans le contrôle. Un facteur de 0,5 correspond à un log2 de −1, soit moitié moins d’expression.